Le traitement de la maladie de Wegener est efficace. Il associe une corticothérapie à forte dose (en bolus en traitement d'attaque) à un immunosuppresseur, essentiellement le Cyclophosphamide. Ce traitement a bouleversé le pronostic de la maladie permettant la mise en rémission. Le traitement d'entretien consiste à trouver la plus faible dose possible. Il est poursuivi plusieurs mois après la mise en rémission. Ce traitement n'est pas sans danger : Complications inhérentes à toute corticothérapie et à tout traitement immunosuppresseur prolongé.
Avant que les stéroïdes soient disponibles, la mortalité était de 90 % à échéance d'un an, la survie moyenne étant de 5 mois. Les stéroïdes avaient ensuite prolongé la survie jusqu'à 8 mois. L'introduction du cyclophosphamide (CYC) dans les années 1970 a représenté une avancée majeure. Le traitement initial est généralement une association de corticostéroïdes et de cyclophosphamide (CYC) par voie orale, respectivement 1 mg/kg/j et 2 mg/kg/j. Parfois, le CYC est administré par intraveineuse. La surveillance de la numération des globules blancs est essentielle dans le succès du traitement. Une fois la rémission atteinte (normalement en 3 à 6 mois), on prescrit de l'azathioprine ou du methotrexate, qui sont moins toxiques. La durée totale du traitement devrait être d'au moins un an. Le traitement est plus long dans le cas des patients à risque. Les corticostéroïdes sont diminués graduellement jusqu'à une dose de 5 à 10 mg/j. Une plasmaphérèse peut aider à traiter les cas les plus sévères, ou dans le cas d'hémorragie pulmonaire. Les données expérimentales concernant les autres traitements sont très limitées.
Une revue systématique de 84 essais a mis en évidence la possibilité de plusieurs traitements de cette maladie. Plusieurs des études revues ont été faites sur des groupes d'individus présentant la granulomatose de Wegener et granulomatose microscopique. Les essais ont été divisés en plusieurs cas :
Dans les cas sévères ne réagissant pas aux traitements, les résultats sont positifs dans le cas d'utilisation de mycophénolate mofetil, 15-déoxyspergualin, de globuline anti-thymocyte, de rituximab et d'infliximab. Les résultats expérimentaux sont moins positifs pour l'immunogobuline intraveineuse et l'étanercept.
Dans le cas de certains patients présentant une sténose subglottique sévère, une trachéotomie est nécessaire pour permettre le passage de l'air.
Le suivi du patient inclut la surveillance du bien-être général et des analyses en laboratoires régulières permettant d'avoir la certitude que la rémission est maintenue.