De plus, Heinrich Cotta fut élu, lors de la 7e Assemblée des agriculteurs et sylviculteurs allemands, à Altenburg, président d’honneur de la section forestière. En même temps on décida de lui dédier un « Album Cotta » forestier, une collection d’essais. Cet ouvrage, qui lui fut présenté le 4 octobre 1844 dans sa maison, fut le dernier hommage que Cotta put encore accepter personnellement.
Après la biographie publiée en 1855 par Ludwig Bechstein, sur son oncle et père adoptif Johann Matthäus Bechstein, Heinrich Cotta fut seulement le deuxième forestier allemand pour lequel fut rédigé une biographie indépendante sous forme de livre. L’ouvrage, en même temps une thèse d’habilitation, Heinrich Cotta, Vie et Œuvre d’un forestier allemand, par Albert Richter, parut en 1950 aux Éditions Neumann, Radebeul et Berlin.
Souvent, même dans des cercles forestiers, on présume que Johann Heinrich Cotta aurait été anobli ou qu’il aurait porté un titre de noblesse. Ceci est faux, comme son biographe, Albert Richter, l’a déjà montré en 1950 (toutes les citations suivantes de celui-ci). La famille Cotta aurait donc encore eu en sa possession, jusqu’à l’incendie d’Ilmenau en 1752, la lettre originale de noblesse signée par l’empereur Sigismund en 1420, mais n’en aurait plus fait usage. La famille était divisée en une branche sud-allemande et une de Thuringe-Saxe. Mais d’après des recherches ultérieures, il n’y aurait pas eu de relations parentales de facto entre les deux lignées Cotta. À l’époque, on croyait pourtant à une descendance commune de Bonaventure Cotta.
Devant cet état de fait, le célèbre libraire et éditeur Johann Heinrich Cotta aurait, d’après une note de Wilhelm von Cotta, demandé à Heinrich Cotta, en 1817, d’entreprendre des démarches communes afin de faire rétablir leur titre de noblesse. Mais ce dernier par ses convictions démocratiques et bien consciemment bourgeoises, déclina l'offre. Il avait déjà cessé le retour vers la noblesse, tenté par son père en 1796, et il n’utilisait non plus le sceau des Cotta, mais un sceau anonyme. Wilhelm von Cotta décrivit l’attitude de son père, en 1860, en ces mots : « Mon père, qui avait subi assez souvent des détriments désobligeants de la part de nobles, mais qui avait également gagné une excellente renommée par ses mérites et qui avait atteint une position où il croyait pouvoir se passer de la nobilité, refusait, parce qu’il pensait que ses fils pourraient se qualifier pour ne plus avoir besoin d’un renouvellement de leur nobilité, et parce qu’il ne s’estimait pas assez aisé pour entreprendre une telle démarche, et parce que de toute façon il vivait dans l’espoir que les privilèges des nobles tiraient vers leur fin. »
Cette attitude non seulement gêna considérablement sa promotion professionnelle, mais amena également la fin, en 1817, du caractère noble d'une partie de la lignée sud-allemande,puis le terme de la baronie en 1822. L'autre partie renouvela sa nobilité en 1859. Après la mort de Heinrich Cotta, le titre de noblesse fut conféré de nouveau à ses trois fils Wilhelm, August et Bernhard, sur leur demande – ce qui ne manqua pas de produire maintes critiques dans des journaux forestiers.
Heinrich Cotta est le fondateur de la sylviculture moderne et durable ainsi que de la science forestière. Il acheva la transition entre la « production de bois » et la « sylviculture » en tant que « science et art holistiques intégrés ». Ce fut Cotta le premier à employer le terme « sylviculture », notamment dans son ouvrage le plus célèbre « Instruction à la sylviculture » (1817). Dans la préface de la première édition, il explique la nécessité de la nouvelle discipline des « sciences forestières » : « Si les gens quittaient l’Allemagne, celle-ci serait, après cent ans, complètement recouverte de bois. Comme alors personne ne l’utiliserait, il engraisserait le sol et les forêts ne deviendraient pas seulement plus grandes, mais aussi plus fertiles. Mais si les gens revenaient plus tard et s’ils étaient aussi exigeants qu'avant en ce qui concerne bois, litière de feuilles et pâturage, alors les forêts, même avec la meilleure science forestière, ne deviendraient pas seulement plus petites, mais aussi moins fertiles. Les forêts se forment et se maintiennent le mieux là où il n’y a point d’hommes et par conséquent pas de forestier ; et ceux qui ont donc parfaitement raison qui disent : autrefois on n’avait pas de sciences forestières et assez de bois, maintenant nous avons la science mais pas de bois. Mais on peut aussi dire, avec la même bonne justification : sont en meilleure santé les gens qui n’ont pas besoin de médecin que ceux qui en ont besoin, sans qu’il s’ensuive que les maladies seraient la faute des médecins. Il n’y aurait pas de médecins s’il n’y avait pas de maladies et pas de sciences forestières sans pénurie de bois. Cette science est alors un enfant du manque et elle est donc son compagnon usuel. »
Dans son « Instruction à la sylviculture » Cotta introduisit également la notion de « Mittelwald » (forêt moyenne) et fit la distinction, pour la première fois, entre forêt basse, moyenne et haute. De plus, il y explicitait les soins du peuplement forestier, comme l’éclaircissage – en toute opposition à son contemporain Georg Ludwig Hartig, qui le comprenait surtout comme « enterrement de morts ». Cotta demandait d’éclaircir modestement, et de notre vue actuelle d’une façon presque timide, mais il se prononçait déjà pour des purifications, ce qui à l’époque était inouï, l’éclaircissage étant une mesure de soins qui ne couvre pas les coûts.
Dans ses œuvres, Cotta traitait pratiquement de tous les domaines de la science forestière. À côté de la sylviculture, l’établissement de forêts était un de ses objectifs principaux. Après qu’il a déménagé à Tharandt en 1811, il a chaîné et mesuré en peu de temps les vastes forêts de la Saxe et il a dressé des plans d’établissement de forêts. A cette occasion, il établit pour l’organisation territoriale de la forêt le dit « lotissement du terrain ». Il explicita ses idées sur ce point dans son livre « Esquisse d’instruction pour le chaînage, l’estimation et la division des forêts » (1815). En même temps, Cotta établit des tables de rentabilité. Ses « Tables à l’emploi des sylviculteurs et des estimateurs forestiers » (1821), mais aussi les « Tables pour la détermination du contenu et de la valeur des bois non travaillés » (1816) devinrent des instruments de travail pour l’industrie forestière tout entière et furent rééditées tout au long du XIXe siècle. Le calcul de la valeur des forêts l’occupait également beaucoup. En l’espace de seulement deux décennies, Cotta réussit à amener les forêts saxonnes, largement sur le déclin vers une sylviculture ordonnée.
De plus, Cotta reconnut l’importance de la forêt au-delà de l’économie et il réserva près de Dresden une forêt plénière de libre service, surtout pour des raisons esthétiques. Dans la forêt de Tharandt, qu’il qualifiait d'« amphithéâtre vert », il aménagea un réseau de corridors et d’ailes. C'est pourquoi Cotta est un des premiers classiques et en même temps le premier classique forestier à se prononcer, même prudemment, pour l’établissement de peuplements forestiers mixtes. À son époque, on ne tolérait que des peuplements mixtes de chênes et de hêtres ou bien mixtes de hêtres et de bois feuillu précieux.
Cotta fut également un excellent maître d’apprentissage de sylviculture pendant 40 ans de sa vie où il enseigna. Il avait, à l’opposé de Hartig qui ne tolérait guère de contradiction, une nature douce et prête au compromis. Cela se manifesta dans des nuances beaucoup plus diverses dans ses écrits et son enseignement. De son côté, Hartig avait, par ses simples règles générales, un effet beaucoup plus immédiat sur la pratique forestière. En revanche, les pensées de Cotta bien plus diversifiées et plus difficiles à retracer, ne pénétrait que lentement la conscience forestière. D’une certaine manière, il se trouvait entre Hartig, avec ses règles générales souvent très rigides et Pfeil, qui exigeait déjà une spécialisation très forte de la sylviculture d’après les conditions du site.
Heinrich Cotta est souvent qualifié de forestier le plus important. De toute façon, il compte, par ses contributions essentielles au développement des sciences forestières, parmi les dits « classiques forestiers », au nombre desquels figurent également Georg Ludwig Hartig, Friedrich Wilhelm Leopold Pfeil, Johann Christian Hundeshagen et aussi ses disciples Carl Justus Heyer et Gottlob König. Pour ses performances brillantes dans le domaine des sciences forestières la palme échoit à Heinrich Cotta.