Ses principaux affluents, sauf la Largue, issue comme l'Ill du Jura sundgauvien, lui parviennent en rive gauche, issus du massif vosgien : la Doller, la Thur, la Lauch, la Fecht, le Giessen (et son affluent la Liepvrette), l’Andlau, l'Ehn, la Bruche et la Souffel. Il est aussi alimenté du côté droit par la nappe phréatique rhénane qui lui apporte de petits affluents dont la Blind, qui lui donne ses eaux à Ehnwihr entre les confluents de la Fecht et du Giessen .