Jonston s'intéresse autant à la médecine qu'à l'histoire naturelle et ses œuvres connaissant une large diffusion notamment son Historia naturalis, peut-être l'une des dernières encyclopédies de cette nature en Europe.
Mais, influencé par Pline l'Ancien, Aristote, Oppien de Corycos (IIe), Conrad Gessner (1516-1565) et Ulisse Aldrovandi (1522-1605), il ne fait que compiler les ouvrages antérieurs et n'apporte guère de faits nouveaux.
Son Historiae naturalis de avibus est traduite du latin en allemand, en anglais, en néerlandais, en français et sera rééditée jusqu'à la fin du XVIIIe siècle. Les gravures, signées Matthäus Merian, qui illustrent son œuvre sont plus réussies que les planches originales dont elles s’inspirent.