Ulisse Aldrovandi, né le 11 septembre 1522 à Bologne et mort le 4 mai 1605 dans cette même ville, est un éminent scientifique italien de la Renaissance.
Son père est le comte Teseo Aldrovandi, notaire et secrétaire au sénat de Bologne, sa mère, Veronica Marescalchi, est cousine d'Ugo Boncompagni (qui deviendra plus tard pape sous le nom de Grégoire XIII).
Orphelin de bonne heure (1529), il reçoit une première éducation par des précepteurs privés. Il étudie l'arithmétique auprès d'Annibale della Nave et, en 1537, devient comptable auprès d'un marchand de Brescia pendant un an. Il entreprend alors un voyage qui le mène de Rome à Saint-Jacques de Compostelle.
De retour à Bologne en 1539, sous la pression de sa famille, il abandonne ses projets de voyage pour suivre les enseignements des humanités et du droit dans les universités de Bologne et de Padoue et devient notaire en 1542.
Aldrovandi abandonne le notariat en 1547 pour se consacrer à ses centres d'intérêts. Il se tourne tout d'abord vers la philosophie et la logique avant de s'intéresser également à la médecine.
Il est accusé d'hérésie en 1549 car il est soupçonné d'entretenir des relations avec l'anabaptiste Camillo Renato. Malgré son abjuration solennelle, il est emprisonné à Rome où il reste dix-huit mois. Durant sa semi-détention, il découvre la botanique, la zoologie et la géologie (de nombreux historiens pensent que c'est lui qui le premier a employé ce terme). Aldrovandi rencontre à cette époque Guillaume Rondelet alors à Rome ainsi que Paolo Giovio (1486-1552).
En 1550, il rédige son premier texte, Delle statue romane antiche, che per tutta Roma, in diversi luoghi, et case si veggono dans un livre sur les antiquités romaines de Lucio Mauro qui paraîtra sous le titre de Le antichità de la città di Roma en 1556.
Il rentre à Bologne en 1551 et commence à approfondir ses connaissances sur la botanique, la zoologie, la minéralogie et, bien sûr, la médecine. Il commence à s'intéresser aux dissections anatomiques, qu'il pratiquera toute sa vie.
Entre 1551 et 1554, il organise plusieurs expéditions pour collecter des végétaux pour son herbier. C'est sans doute en 1551, qu'il rencontre et se lie d'amitié avec Luca Ghini, botaniste, qui enseignait alors à Pise. Les plantes ne sont pas ses seuls intérêts et il profite de ses excursions pour récolter des animaux et des minéraux.
Il obtient un titre de docteur en médecine et en philosophie le 23 novembre 1553 et commence à enseigner cette dernière et la logique à l'université de Bologne en 1554. Cette même année, il herborise dans la campagne environnante avec plusieurs scientifiques comme Luigi Anguillara, Andrea Alpago, Francesco Calzolari et bien d'autres. De passage à Padoue, il se lie d'amitié avec le médecin Gabriele Falloppio. Il projette de visiter le jardin de simples de Venise mais Pietro Andrea Michiel, grand anatomiste italien, alors en froid avec Falloppia lui en interdit l'accès.
En 1556, Aldrovandi commence à développer ses études botaniques sur la base de l'examen des organes reproducteurs, voie qui sera par la suite développée par Andrea Cesalpino. Cette même année, il commence à enseigner la botanique médicale.
En 1559, il devient professeur de philosophie et, en 1561, il devient le premier professeur d'histoire naturelle à Bologne (son cours s'intitule lectura philosophiae naturalis ordinaria de fossilibus, plantis et animalibus).
En 1564, il commence à chercher des appuis auprès du sénat bolognais pour obtenir la création d'un jardin botanique dans sa ville, projet qui n'aboutit qu'en 1568. En avril 1565, sa femme Paola meurt et, en octobre de la même année, il se remarie avec Francesca Fontana qui l'assistera dans toutes ses recherches.
À partir de 1570, Aldrovandi va publier de nombreux livres où il expose ses découvertes. Il continue l'étude des matières médicales tout en faisant régulièrement des excursions pour étudier la nature qu'il y rencontre. Il fait régulièrement paraître des ouvrages tandis que son cabinet de curiosités s'accroît régulièrement, il comptera plus de 18 000 pièces à la fin de sa vie.
Il forme un grand projet pour l'édition d'une vaste encyclopédie d'histoire naturelle. Il signe en 1594, un contrat avec l'éditeur vénitien Francesco de Franceschi. Mais la faillite de celui-ci empêche l'édition de cette encyclopédie, seuls trois volumes d'ornithologie et un d'entomologie paraissent du vivant d'Aldrovandi.
Aldrovandi lègue à sa mort 3 600 livres imprimés et environ 300 manuscrits au sénat de Bologne, qui a en charge de les conserver dans un endroit adapté. Un muséum sera créé en 1617 et recevra, outre les collections d'Aldrovandi, son herbier de plus de 7 000 spécimens.
Son œuvre apparaît aujourd'hui, en regard de nos critères, comme totalement désuète et sans intérêt. Georges Cuvier dira d'elle que c'est «une immense compilation sans goût ni génie» et que si on supprimait tous les passages inutiles, il n'en resterait qu'un dixième. Pourtant, Aldrovandi, avec d'autres scientifiques de son temps, va constituer une étape importante dans l'émergence de la science biologique moderne.