Étude sur le Genre Garcinia (Clusiacées) et sur l'origine et les propriétés de la gomme-gutte, thèse (1872)
Du protoplasma végétal, thèse (1876)
Manuel d'histoire naturelle médicale (4 volumes, 1879-1882)
La Matière, la vie et les êtres vivants (1879)
Étude sur la doctrine de Darwin : la lutte pour l'existence et l'association pour la lutte (1881)
Traité de zoologie. Protozoaires (1882)
La Botanique (1883)
Le Transformisme : évolution de la matière et des êtres vivants (1883)
Flore de Paris (phanérogames et cryptogames), contenant la description de toutes les espèces utiles ou nuisibles, avec l'indication de leurs propriétés (1884)
L'Église et l'État, conférence sur la séparation de l'Église et de l'État, faite à Chaumont ; et Lettres sur le Concordat, adressées aux lecteurs de la Gazette des travailleurs, suivies du texte du Concordat et des articles organiques (1884)
Introduction à la botanique. Le sapin (1885)
L'Expansion coloniale de la France : étude économique, politique et géographique sur les établissements français d'outre-mer (1886)
Les Plantes utiles des colonies françaises (1886)
La Tunisie (1887)
L'Indo-Chine française, étude politique, économique et administrative sur la Cochinchine, le Cambodge, l'Annam et le Tonkin (1889)
La Marine française au printemps de 1890 (1890)
La Colonisation française en Indo-Chine (1895)
La Morale des philosophes chinois : extraite des livres classiques de la Chine et de l'Annam (1896)
Principes de colonisation (1897)
La République démocratique : études sur la politique intérieure, extérieure et coloniale de la France (1897)
Le Programme maritime de 1900 à 1906 (1902)
La Lutte pour l'existence et l'évolution des sociétés (1903)
La Concurrence sociale et les devoirs sociaux (1904)
La Morale des religions (1905)
Les Enseignements maritimes de la guerre russo-japonaise (1905)
L'État et les Églises en France, depuis les origines jusqu'à la séparation (1906)
Les Missions et leur protectorat (1907)
L'Éducation de la femme moderne (1908)
La Morale naturelle (1908)
Le Bilan de notre marine (1909)
La Lutte contre le crime (1910)
Nos Forces navales : répartition et reconstitution (1911)
La Répartition des flottes européennes et les obligations de la marine française (1912)
Nos Forces militaires (1913)
La Crise de la République (1914)
Notre Défense maritime (1914)
Transformisme et créationisme : contribution à l'histoire du transformisme depuis l'Antiquité à nos jours (1914)
L'Empire germanique sous la direction de Bismarck et de Guillaume II (1915)
Les Empires germaniques et la politique de la force, introduction à la guerre de 1914 (1915)
Pourquoi les Germains seront vaincus (1915)
Histoire de l'entente cordiale franco-anglaise : les relations de la France et de l'Angleterre depuis le XVIe siècle jusqu'à nos jours (1916)
L'Idéal moral du matérialisme et la guerre (1918)
Traductions
Friedrich A. Flückiger : Histoire des drogues d'origine végétale (2 volumes, 1878)
August Mojsisovics (Edler von Mojsvar) : Manuel de zootomie, guide pratique pour la dissection des animaux vertébrés et invertébrés (1881)
Friedrich Otto Wünsche : Flore générale des champignons (1883)