La médecine tropicale est comme son nom l’indique une branche de la médecine consacrée aux affections typiques des zones tropicales (les « maladies tropicales »).
Elle concerne ces zones elles-mêmes mais aussi et de plus en plus le monde entier, en raison de la mondialisation et l’accélération des transports de biens et personnes, qui contribuent à diffuser sur toute la planète des pathogènes et leurs vecteurs, plusieurs maladies émergentes étant en outre susceptibles de prendre un caractère pandémiques durable (comme le SIDA dû au VIH ou peut-être la grippe aviaire). Avec des ONG comme Médecins du monde, Médecins sans frontières et la Croix-Rouge internationale, et sous l'égide de l'OMS, elle est devenue un élément à part entière de l'aide humanitaire.
Il y a toujours eu des remèdes locaux et pratiques médicales spécifiques aux zones tropicales.
Une spécialité médicale scientifique et spécifique semble s'être développée hors des zones tropicales elles-mêmes dès le début des grandes explorations, aux époques gréco-romaines, mais surtout en occident au début des grandes périodes de colonisation. Garcia da Orta (1500-1568) en est ainsi considéré comme un précurseur, en tant qu’auteur du premier traité de médecine tropicale, au XVIe siècle.
Une grande attention sera ensuite portée à cette spécialité par les armées coloniales (il existait par exemple en France un service de santé des troupes coloniales, disposant déjà à Marseille d’une école d’application, dite "Ecole du Pharo"). Au XIXe siècle, les domaines en plein développement de l’hygiène et la santé publique s'y intéressent aussi mais se sont les hôpitaux militaires qui ont le plus de moyens pour travailler sur ces sujets. En 1907, Charles Louis Alphonse Laveran fonde en France la 'Société de Pathologie Exotique' qu'il dirigera durant 12 ans. Grâce à son prix Nobel de physiologie et de médecine (récompensant ses recherches sur les protozoaires comme agents infectieux), il créera à l'institut Pasteur un laboratoire "des maladies tropicales" où convergeront des données de parasitologie humaine, échantillons et observations venus de toute la planète.
Les armées impliquées dans les deux guerres mondiales en seront dépendants, par nécessité, pour protéger leurs soldats dispersés dans le monde entier et fréquemment victimes de maladies qu'on ne sait pas encore bien identifier ni soigner.
Enfin, dans la seconde partie du XXe siècle, la guerre froide et sa course aux armements (en particulier armes bactériologiques seront à l’origine d’institutions actuelles tels que les Centers for Disease Control and Prevention aux États-Unis ou de nombreux instituts de médecine tropicale dont par exemple l'Institut des médecines tropicales du service de santé des armées (en France), antérieurement destinés à protéger les soldats de maladies tropicales (inconnues ou connues) et à protéger la population d’une éventuelle utilisation bioterroriste de microbes ou parasites tropicaux.
À la fin du XXe siècle, c'est une discipline qui soigne de plus en plus de gens, en particulier touristes revenant des zones tropicales.
Relations entre militaire et civil : Cette discipline assez peu soutenue par les grands laboratoires pharmaceutiques en raison de marchés peu solvables dans les pays pauvres, s’est peu à peu développée dans le domaine de la recherche civile, parallèlement à l’épidémiologie tropicale et peu à peu à l’écoépidémiologie et à l’entomologie tropicale.
Les centres de formation et de recherche se sont surtout développés dans les capitales et dans certains hôpitaux et universités dont certains services se sont spécialisés ; essentiellement dans les capitales et grandes villes de certains pays pauvres tropicaux, et surtout dans les pays riches où les matériels et laboratoires spécialisés sont plus accessibles.
Un volet médecine d'urgence existe au sein de la médecine tropicale, mis en jeu notamment dans le cadre des actions d'aide humanitaire après les grandes catastrophes naturelles, guerres, guerres civiles..