Néo est un préfixe signifiant nouveau. C'est également l'anagramme du mot anglais « one » (que l'on peut traduire à la fois par le chiffre "un", par "unique" et par "élu") et du prénom Noé. Il s'agit également de l'inverse d'Oen (Ouins) qui signifie « Élu » en hébreu.
Néo vit dans le monde de la Matrice, une construction illusoire dans laquelle les humains sont connectés neurologiquement à un énorme système informatique qui simule le monde de la fin du XXe siècle. Cette domination est nécessaire aux machines, qui utilisent les humains comme source d'énergie primaire depuis qu'ils ont engendré un hiver nucléaire dans le but de priver les machines d'énergie solaire. Ceux qui restent leur vie entière connectés à la Matrice ignorent que leur réalité n'est en fait pas réelle, ni qu'il existe une rébellion humaine organisée par les rares habitants de la cité « libre » de Sion. De temps en temps, les humains de Sion libèrent des individus de l'emprise de la Matrice, une opération risquée et complexe.
Une prophétie parmi les humains en liberté (que certains croient et que d'autres rejettent) stipule qu'il existe un homme qui, une fois connecté à la Matrice, peut transgresser toute règle ainsi que percevoir et manipuler le code directement, et qui, dans la réalité simulée de la Matrice, pourrait être considéré comme un messie. Cette personne se nomme « l'Élu ». Morpheus, un capitaine renommé de la flotte de Sion, en fera l'objet de sa quête, qu'il poursuivra sa vie durant. La légende rapporte que l'Élu mettra fin à la guerre perpétuelle entre l'Homme et la Machine.
La vérité derrière cette « prophétie » est présentée à la fin du film Matrix Reloaded par l'Architecte (le concepteur de la Matrice) : l'Élu est une anomalie systémique volontairement insérée dans la Matrice. Elle est une variante de l'équation (sur laquelle tout le code source est basé) chargée de « réinitialiser » le système. Lors d'un « cycle normal », les humains erronés sont libérés et gardés à l'écart du système dans la ville de Sion. Lorsque cette dernière devient trop menaçante, elle est détruite par les machines. De son côté, l'anomalie/l'Élu réinitie la Matrice et rebâtit Sion avec une dizaine d'hommes et de femmes, recommençant ainsi le cycle.
Dans la série de films, on nous présente une situation où l'anomalie (Néo) refuse de réinitialiser la Matrice, principalement par amour pour Trinity. Les paroles prononcées juste avant la décision de Néo par l'Architecte laissent entendre que ce dernier avait prévu cette décision.
Le nom « Thomas Anderson » peut faire référence, par le prénom, à Saint Thomas, qui symbolise le doute mais aussi la volonté de croire subordonnée au besoin de voir. Le patronyme Anderson, qui signifie « Fils d'André », peut constituer une référence à Jésus Christ puisque le premier disciple de ce dernier s'appelait André. Le prénom André est lui-même issu du grec Andreas qui, de la racine Andros, signifie « homme (viril) », Anderson peut donc être traduit comme « fils de l'homme », qui est l'une des appellations du Christ.