Dés 1494, Martyr s’est improvisé "historien de la découverte" après avoir été le narrateur de la conquête de Grenade. Il a raconté dans ses lettres envoyées à plusieurs interlocuteurs ce qu'il a vu à la cour des Rois Catholiques. Ces lettres seront regroupées pour constituer les ouvrage que nous connaissons.
Pierre Martyr a personnellement rencontré plusieurs des participants à la conquête du Nouveau Monde, dont le plus important, Christophe Colomb. On peut considérer ses informations comme fiables et authentiques. A l'époque ou Martyr était précepteur à la cour, il était en charge de l'éducation du prince Don Juan mais aussi des pages de la reine. Parmi ces pages se trouvaient les deux fils de Colomb, Diego Colon et Hernando Colon. Martyr et Colomb se sont rencontrés de nombreuses fois; il se sont entretenus sur de nombreux points et ont échangé de nombreuses informations. Martyr le rappelle dans ses lettres. Il cite de nombreuses anecdotes qui lui ont été rapportées par l'Amiral de la Mer Océane.
Pierre Martyr, italien vivant en Espagne, fait connaître immédiatement la découverte d’un nouveau continent en Italie, à son ami d'enfance Ascanio Sforza. Il signale que le découvreur est Ligure. Personne en Italie n’a revendiqué quoi que ce soit au moment de cette découverte, ni ailleurs en Europe, il faut bien le reconnaître. Sauf François I, en France, qui a demandé qu'on lui montre le testament d'Adam qui l'exclurait du partage du Monde.
C’est également grâce à Pierre Martyr que nous connaissons la réception de Colomb par les Rois Catholiques au retour de son premier voyage, fin avril 1493, à Barcelone. Il fut le premier de tous les biographes de Colomb et dont les textes ont été publiés aussitôt.
Martyr est le premier à annoncer que les découvertes de Colomb concernent un nouveau continent inconnu jusqu'alors. Ses relations présentent une importance majeure : elles n'ont pas été altérées. Si ses lettres contiennent des erreurs elles sont le fait de Martyr lui- même. Ses textes ayant été publiées de son vivant, ils n'ont pu être modifiés à son insu. Ce qui n'est pas le cas pour les deux autres biographes contemporains de Colomb.
- Les deux autres biographes de la découverte, Bartolomé de Las Casas et le 2 fils de Colomb, Hernando Colon, ne seront publiés qu’à la fin du XIXe siècle pour le premier et en 1571 pour le 2.
- Le manuscrit de Las Casas, terminé en 1559, a été mis en dépôt sur sa demande au Collège de San Grégorio de Valladolid, avec instruction de ne le publier que quarante ans plus tard. En fait, il ne sera édité qu'en 1875, à Madrid. En revanche, malgré la demande de Las Casas, le manuscrit sera extrait du Collège en 1571, la même année que la publication de l'ouvrage d'Hernando Colon à Venise, pour être confié par Juan de Ovando à Juan Lopez de Velasco, puis mis à disposition de Antonio de Herrera qui l'a abondamment plagié pour écrire sa relation de l'Histoire des Indes. Il y a des doutes sur certains passages qui auraient été altérés après la mort de las Casas. Il est étrange de constater que le texte du fils de Colomb a été publié l'année où celui de Las Casas a été extrait du Collége San Gragorio, en contradiction avec son souhait...
Par ses fonctions officielles au Conseil des Indes, Pierre Martyr avait accès à tous les documents officiels du royaume de Castille concernant la découverte et la colonisation du Nouveau Continent découvert par Colomb. Ces documents sont conservés aujourd'hui aux Archives des Indes de Séville Archivos de India, Sevilla.
De tous les auteurs qui ont écrit sur la découverte de l'Amérique, sur Christophe Colomb, sur la vie en Andalousie à cette époque, Martyr est la source principale de documentation contemporaine. C'est par la lecture de ses documents qu'il faut commencer. La lecture et l'analyse de ce qu'a écrit Pierre Martyr d'Anguiera est un excellent moyen d'investigation pour déceler les faussaires et les altérations de l'histoire concernant les événements de cette époque. Cela facilite la mise au rebut de certaines élucubrations récentes totalement infondées.
Dans le prologue de son Histoire des Indes, Las Casas indique : ".../...parmi ces auteurs on ne doit accorder à aucun plus de crédit qu'à Pierre Martyr, qui a écrit en latin ses Décades à une époque où il se trouvait en Castille, car ce qu'il y dit des débuts a été reçu soigneusement de l'amiral lui-même, qui fut le premier découvreur, et à qui il parla « souventes » (sic) fois, et de ses compagnons, ainsi que de ceux qui firent ces voyages dans les premiers temps".
Las Casas indique encore : " J'ai tiré tout cela de ce qu'écrit Hernando Colón, fils du "premier amiral" et des décades de Pierre Martyr qui en parle plus longuement que D. Hernando vu qu'à cette époque celui-ci était encore très jeune et Pierre Martyr a très bien pu l'apprendre de l'amiral en personne, car il fut très au fait de ce que celui-ci écrivait, résident alors à la cour et étant fort dans la faveur royale".
Plus loin Las Casas ajoute : "...Pierre Martyr.../...auquel on peut accorder plus de crédit qu'à tout autre de ceux qui ont écrit en latin, parce qu'il se trouvait en Castille à cette époque, qu'il parlait avec tout le monde et que tous le gens se plaisaient à lui rendre compte de ce qu'il avaient vu et trouvé, car c'était un homme respectable et qui prenait le temps d'interroger vu qu'il essayait d'écrire comme nous l'avons dit dans le prologue de cette Histoire". Les informations de las Casas sont confirmées par Pierre Martyr lui même lorsque il écrit : "...car l'Amiral, à qui je suis lié par une amitié personnelle, m'a de sa main écrit qu'il me révélerait de manière très détaillée ce que le sort lui a dévoilé".
Pierre Martyr indique dans un autre document quelles sont ses sources utilisées pour écrire ses décades sur la Mer Océane :".../ ces quelques informations, que j'ai trouvées dans des documents personnels de l'amiral Colomb, tu sais que je les ai rassemblés aussi rapidement que ton secrétaire à pu les transcrire sous ma dictée";
Martyr assistera la reine Isabelle de Castille dans sa douleur et ses chagrins après la perte successive de son fils, de ses filles et lorsque la folie de sa fille Juana fut reconnue (il reçut d'ailleurs du roi Ferdinand, devenu veuf, la mission de veiller sur Juana dite « Juana la Loca », Jeanne la Folle).
Après la mort du roi, Martyr raconte dans ses lettres la régence exercée par le cardinal Ximenés. Martyr ne l’aime pas : c’est sensible dans ses écrits. Martyr raconte dans les lettres publiées dans l’opus Epistularum l’arrivée de Charles, petit-fils des Rois Catholiques qui deviendra l’empereur Charles Quint.
Vers la fin de sa vie, s’il n’était pas riche, Martyr vivait dans l’aisance. Il s’était fait à la cour des amis fidèles. Il était devenu l’ami intime du pape Adrien VI qu’il avait connu alors que ce dernier n’était que le cardinal Adrien, précepteur de celui qui est devenu Charles Quint.