Prévalence de la grippe aviaire chez les animaux - Définition

Introduction

Jusque dans les années 2004, la Prévalence des virus grippaux (dont H5N1) chez les oiseaux et plus encore chez d'autres espèces que les oiseaux était quasiment inconnue, faute d'études de screening général de la faune sauvage, et faute de moyens humains et financiers affectés à l'écoépidémiologie.

Prévalence des influenzavirus aviaires chez les oiseaux sauvages

Réservoir principal : Il est réputé être constitué par les oiseaux et peut-être plus précisément. Dans l'état actuel du savoir, les principaux impliqués dans le portage du virus seraient :

1. Les ansériformes (anser, -eris = « oie » en latin) Cet ordre regroupe des oiseaux au bec, large et plat muni de lamelles, recouvert d'une peau nue riche en corpuscules tactiles, aux pattes palmées et courtes (oies, canards, notamment le canard colvert) ; ils construisent généralement leur nid à terre. L'ordre des ansériformes regroupe 2 familles:
   • les anatidés (canards, oies, cygnes, etc.)
   • les anhimidés (kamichis, chaunas), les passériformes (moineaux…)
2. Les charadriiformes (comprend les oiseaux limicoles et aussi ceux qui ont évolué vers des types plus spécialisés comme les labbes, goélands, mouettes, sternes, pingouins…),
3. Mais le virus a été isolé chez une grande diversité d'espèces sauvages et tous sont a priori susceptibles d'en être malade ou porteur asymptomatique du H5N1.

Les données écoépidémiologiques sur la grippe aviaire (et autres viroses aviaires) chez les oiseaux sauvages sont encore rares, mais les nombreuses analyses faites fin 2005 et début 2006 dans le cadre du suivi du H5N1 devraient apporter des éclaircissement sur le comportement de ce virus.

En France, les études de C. Hannoun de 1977 à 1999 et par J.M. Devaux en 1979 sur l'avifaune aquatique de la Baie de Somme ont montré :

93 souches de virus,

un pic d'infection au mois d'octobre,

l'existence d'un réservoir sauvage permanent.

De 2000 à 2003, une enquête de l'Unité Sanitaire de la faune de l'ONCFS et de l'AFSSA de Ploufragan a montré la présence de virus Influenza faiblement, voire non, pathogène sur plusieurs espèces d'oiseaux capturées dans l'estuaire de la Loire et dans les Dombes. Essentiellement sur :

- Colvert (Anas platyrhynchos),

- Sarcelle d'hiver (Anas crecca),

- Foulque (Fulica atra) et

- Cormoran (Phalacrocorax carbo).

Des virus influenza ont jusqu'à présent été trouvés chez près de 90 espèces appartenant à 12 des 50 ordres d'oiseaux.

Le plus grand nombre et la plus grande variété de ces isolats ont été trouvés chez des espcèces appartenant à l'ordre des ansériformes (canards, oies et cygnes).

Sur 2317 isolats viraux recensés dans un bilan de 1998 (Stallknecht, 1998),

- 93,8% provenaient d'ansériformes qui avaient le taux moyen d'isolement le plus élevé (15,2%),

- 2,9% chez des passeriformes (passereaux),

- 2,2% chez des charadriiformes (sternes, goélands et limicoles).

En 2002, les piciformes (pics) semblaient constituer avec les passériformes les seuls ordres d'oiseaux sauvages non aquatiques porteurs avérés de virus influenza.

Selon l'Afssa en 2002, un doute subsistait pour les columbiformes (dont les pigeons), pour lesquels des rapports contradictoires font état ; soit de l'isolement de virus influenza (Stallknecht, 1998), soit au contraire d'une résistance complète à l'infection (Slemons et Easterday, 1972, cités par Stallknecht et Shane, 1988). Il semble qu'il y ait eu dans le passé à Paris une mortalité importante de pigeons (80% environ) qui pourrait être attribué à une influenza aviaire HP (hautement pathogène)

Le taux moyen d'isolement à partir d'espèces autres que les canards et les oies approchait 2% (Stallknecht, 1998), alors que chez les ansériformes il semble pouvoir varier d'environ 6% chez les adultes en migration d'automne (Slemons et al., 1991) jusqu'à 60% chez les juvéniles dans les rassemblements pré-migratoires (Hinshaw et al., 1980), quoique chez ces derniers des pourcentages voisins de 20% soient plus fréquemment rapportés (Webster et al., 1977, Hinshaw et al., 1978).

- En France, une étude réalisée en Baie de Somme (Parc Ornithologique du Marquenterre) de 1976 à 1978 par l'Institut Pasteur (Pr. Claude Hannoun) a mis en évidence une prévalence variant de 1 à 16% des sujets prélevés chez les cinq espèces de canard qui s'avéraient porteuses de virus influenza aviaires (Hannoun et Devaux, 1981).

- Avant 2001, les Pays-Bas ont produit des études fournies (examen de 3800 échantillons) montrant une prévalence d'environ 1% chez les canards et les oies (espèces aviaires non précisées (source = Réunion communautaire annuelle des Laboratoires Nationaux de Référence pour les pestes aviaires, Uppsala, Suède, 26-28 avril 2001).

Tous les sous types de virus influenza semblent hébergés chez les oiseaux sauvages.

Des différences significatives existent, par exemples, entre ;

1. les sous-types hébergés par les charadriiformes et les canards (Kawaoka et al., 1988),
2. les sous types circulant chez les oiseaux migrateurs de l'ancien ou du nouveau monde (Süss et al., 1994 ; Ito et al., 1995).

La transmission d'un virus influenza aviaire des oiseaux migrateurs du compartiment eurasien à ceux du compartiment américain reste cependant possible, comme cela a été démontré avec le sous type H2.

Cette transmission s'accompagne d'une rapide évolution de la souche virale qui s'adapte à un nouvel environnement (Makarova et al. 1999).

En France, l'étude de C HANNOUN (I. Pasteur) dans le parc du Marquenterre, prolongée jusqu'en 1982, a trouvé des virus porteurs de 8 des 13 (aujourd'hui 15) espèces moléculaires connues d'hémagglutinines et de 6 des 9 espèces moléculaires connues de neuraminidases (C. Hannoun, communication personnelle à J.-C MANUGUERA, reprise dans le rapport AFSSA 2002).

Lorsqu'exceptionnellement c'est le cas, il a été suggéré sur la base d'une concordance temporelle et spatiale que les oiseaux sauvages s'étaient infectés au contact de volailles domestiques à l'occasion d'épizooties d'HPAI (Alexander, 2000 ; Capua et al., 2000).

Les virus influenza isolés chez les oiseaux sauvages en général, ne sont pas hautement pathogènes pour l'avifaune domestique. Lorsqu'exceptionnellement c'est le cas, il a été suggéré sur la base d'une concordance temporelle et spatiale que les oiseaux sauvages s'étaient infectés au contact de volailles domestiques à l'occasion d'épizooties d'HPAI (Alexander, 2000 ; Capua et al., 2000).

En France, l'École nationale vétérinaire de Lyon, dans le cadre d'un projet de thèse, mène un travail sur le risque d'épizooties chez les oiseaux sauvages (sédentaires et migrateurs) et domestique dans les Dombes. Il s'agit aussi d'étudier l'influence des facteurs de risques liés aux habitats (zone humide de la basse vallée de l'Ain, notamment les Dombes), à leur gestion (agricole, de l'élevage) et à l'influence des changements globaux, dont climatiques. Le travail s'appuie sur une modélisation, le 1^er oiseau choisi étant le colvert, réputé présenter des niveaux de portage sérologique et virologique élevés pour les virus Influenza.