En dépit du processus long et complexe des homologations, certains produits antérieurement autorisés sont interdits en raison de leur dangerosité démontrée ultérieurement (pollution rémanente des eaux, apparition de résistance de souches, influence métabolique à long terme...).
En France, depuis plusieurs années, de nombreux produits phytosanitaires jusqu'alors autorisés (donc considérés comme efficaces et ne présentant pas de risque inacceptable) ont été interdits à la mise sur le marché et à l'utilisation. Ces produits sont appelés « Produits Phytosanitaires Non Utilisables » (PPNU).
L'utilisation de produits phytosanitaires retirés du marché est interdite et soumise à contrôle. L'article L.253-17 du Code rural prévoit des peines qui peuvent aller jusqu'à 30 000 euros d'amende et six mois d'emprisonnement.
Un exemple typique de changement de classification est celui de l'atrazine, utilisé massivement en France et dans de nombreux autres pays comme un herbicide d'une grande efficacité pour le désherbage du maïs. L'atrazine (comme toute la famille des triazines) est à présent reconnue comme à l'origine de pollutions majeures des nappes souterraines et des eaux de surface qui sont polluées à 50 % en France (par rapport aux normes édictées pour les triazines). Par exemple, en Bretagne, comme dans le Sud-Ouest et l'Île-de-France, il est courant de trouver, dans des prélèvements d'eau potable, des taux de triazine dix fois plus élevés que le seuil autorisé de 0,1 microgramme par litre.
Jusqu'en 2002, la famille des triazines constituait les produits phytosanitaires les plus employé s en France, utilisés à 80 % en termes de surface par les producteurs de maïs conventionnel. Ils avaient été introduits en 1962 et étaient caractérisés par une excellente efficacité et un faible coût. Protégé des UV solaires dans le sol, ils se sont avérés moins dégradables que ce qu'avait annoncé le fabricant. 9 ans après son interdiction en Allemagne, l'atrazine était encore le pesticide quantitativement le plus présent dans la pluie, et ses produits de dégradation (ex : désisopropyl--atrazine, déséthyl-atrazine) sont encore très présentes alors que la molécule-mère commence à disparaître .
En raison de sa toxicité et de sa pollution rémanente dans les eaux (molécule peu biodégradable), l'atrazine a été bannie en Allemagne puis après quelques années en France en 2001, comme le reste de la famille des triazines (mise en application en juin 2003 pour la France) après des années d'utilisation (1962-2003).
Ce revirement pourrait être lié à une prise de conscience progressive de la dangerosité de certains produits phytosanitaires, ou éventuellement aux deux condamnations de la France par la cour de Justice européenne pour avoir manqué à ses obligations en matière de qualité de l'eau. De nombreux autres produits sont en discussion, tel l'arsénite de soude (produit cancérigène très utilisé en viticulture). Le programme européen global de réforme écologique de l'agriculture prévoit d'interdire d'ici 2008 près de 400 produits jugés dangereux pour la santé de l'homme qui avaient été cependant agréés par la directive de 1991. [1] L'arsénite de soude est dorénavant inutilisable en viticulture. Tous les résidus (bidons vides ou partiellement vides)ont été récupérés lors de collectes spécifiques organisées par les autorités compétentes. Des contrôles du Service Régional de la Protection des Végétaux (SRPV) peuvent être réalisés dans toutes les exploitations agricoles et des sanctions sont prévues en cas de détention de produits phytosanitaires interdits (=PPNU:Produits Phytosanitaires Non-Utilisables).
Un exemple de cas très débattu au début du XXIe siècle est celui du Gaucho, accusé par les apiculteurs d'être à l'origine de la diminution importante de certaines populations d'insectes (abeille). Voir l'article sur le Gaucho pour plus d'information.
Bien qu'interdit depuis longtemps dans les pays occidentaux, on en trouve encore des traces dans les graisses des animaux, mais aussi dans notre nourriture.
L'OMS cependant estime que le DDT est irremplaçable dans la lutte contre les moustiques vecteurs du paludisme et continue à préconiser son utilisation, uniquement à l'intérieur des habitations. [2].