D'après l'hebdomadaire Die Zeit, le nouveau Centre juif a coûté au total 57 millions d'euros. Le projet a été financé par la ville de Munich, par le Land de Bavière, par la communauté juive et par des dons. Le financement par la ville de Munich et par la Bavière se monte à 30 millions d'euros. En plus, 20,5 millions d'euros proviennent de la vente de l'immeuble de la rue Herzog-Max où était située l'ancienne synagogue principale. Le bâtiment a été vendu à la chaine de grand magasins Karstadt, afin d'agrandir son magasin Oberpollinger de la rue Neuhauser. Le terrain de 5 500 mètres carrés situé place Jakob, a été mis gracieusement à la disposition de la communauté juive, par la ville de Munich sur proposition de son maire Christian Ude.
Une inscription à l'intérieur de la synagogue rappelle que l'archidiocèse de Munich et Freising avec à sa tête le cardinal Friedrich Wetter, ainsi que l'Église évangélique-Luthérienne de Bavière ont contribué par leurs dons à la création de ce centre.
La pose de la première pierre a lieu le 9 novembre 2003, en présence du président de la République fédérale d'Allemagne, Johannes Rau. La police réussit à déjouer un projet d'attentat prévu ce jour là, par un groupe néonazi Kameradschaft Süd (Camaraderie sud). Selon l'ancien ministre de l'Intérieur de Bavière, Günther Beckstein, les enquêteurs retrouvent 14 kilogrammes d'explosifs et les plans de l'attentat. Lors de deux procès, huit membres du groupe sont jugés et condamnés à de lourdes peines.
Comme prévu initialement, la fête de l'achèvement du gros-œuvre se déroule le 28 octobre 2005. Le début de la construction avait été retardé à plusieurs reprises, en raison de la découverte, lors du creusement des fondations, de vestiges du Moyen Âge ayant nécessité des fouilles complémentaires.
La synagogue est inaugurée officiellement le 9 novembre 2006, 68 ans jour pour jour après la nuit de Cristal de 1938. À la cérémonie participent des invités prestigieux d'Allemagne mais aussi de l'étranger: le Président fédéral Horst Köhler, le Premier ministre bavarois Edmund Stoiber et l'ensemble du cabinet bavarois, l'ambassadeur d'Israël Shimon Stein, le grand-rabbin de Tel Aviv, Yisrael Meir Lau, ainsi que de nombreux représentants des différents partis et des communautés religieuses. La cérémonie d'ouverture est présidée par Charlotte Knobloch, présidente du Conseil central des Juifs en Allemagne ( Zentralrat der Juden in Deutschland). Dans la matinée, de nombreux Munichois ont accompagné le cortège apportant les neuf Sifrei Torah(rouleaux de Torah) richement décorés, de l'ancienne synagogue à la nouvelle synagogue, tandis que la clarinettiste Giora Feidman jouait Shalom Chaverim (Paix, les amis). Pour cet événement pas moins de 1 500 policiers ont été réquisitionnés pour en assurer la sécurité.
Trois jours après l'ouverture officielle, une journée porte ouverte invite la population de Munich à visiter la synagogue et le centre communautaire. Plus de 15 000 personnes vont faire une queue de plusieurs centaines de mètres pour pénétrer dans les locaux, surveillés par un important service de sécurité.
![]() Portail de la synagogue. | L'Arche sainte avec la parokhet. | Le toit de la synagogue avec les étoiles de David entrelacés. | ![]() Le Passage du souvenir. |