SAET autorise un espacement des trains de 85 secondes. SAET permet d'adapter en temps réel le niveau de service à celui de la demande, et donc de répondre à un afflux soudain de voyageurs, quel que soit l'horaire par l'injection de rames supplémentaires.
Les deux grandes particularités de SAET, qui le distinguent des systèmes fermés comme le Véhicule automatique léger (VAL), sont la « mixité du trafic » et la « non-polarisation des rames ». La mixité du trafic permet de faire circuler simultanément sur une ligne des rames à conduite automatique intégrale et d'autre rames à conduite manuelle ou semi-automatique. Cette possibilité sera notamment mise à profit lors de l'automatisation de la ligne 1 du métro parisien, quand les rames MP 89 CC et MP 05 cohabiteront pendant la période transitoire d'ici 2010. La non-polarisation des rames permet de ne pas tenir compte du sens d'une rame automatique avant son injection sur la ligne.
Le SAET permet de garer les rames en station lors des arrêts de service (la nuit par exemple), ce qui fait qu'une ligne équipée de ce système démarre à la même heure de quasiment toutes les gares, et non en fonction du premier départ du terminus. Mais cela oblige à déplacer les rames en stationnement lors de services spéciaux la nuit, comme ceux de l'ADEMAS.
SAET gère également des télécommandes sécurisées. Ces télécommandes sont utilisées en mode d'exploitation dégradé en cas d'incident d'exploitation. Elles permettent par exemple d'imposer aux trains automatiques des limitations temporaires de vitesse sur une partie de voie.
Parmi les risques ferroviaires classiques gérés par SAET, on retrouve le rattrapage, la « prise en écharpe » et le « nez à nez ».