Située à Salamanque, l'université de Salamanque (Universidad de Salamanca en espagnol), est la deuxième plus ancienne université d'Espagne (après Palencia), mais la plus ancienne qui demeure, puisque l'Université de Palencia n'existe plus ; elle est aussi la cinquième plus ancienne en Europe (après Bologne, Paris, Oxford et Cambridge). Elle a été fondée par Alphonse IX de León en 1218. C'est en revanche la première qui a obtenu en Europe le titre d'université.
Le pas de sa porte d'entrée est connu pour ses motifs en relief finement sculptés parmi lesquels est dissimulée une grenouille posée sur un crâne humain. Certains élèves parient même réussir leurs examens après l'avoir trouvée.
Son origine remonte aux Écoles de la Cathédrale dont l'existence peut être repérée déjà en 1130, quand son Maître d'école assiste à un concile à Carrión. Le premier document officiel est celui du roi Alphonse IX de León, par lequel il concède le titre de Studium Generale (Estudio General) à ces Écoles, en raison de la qualité de ses enseignements: il est daté de 1218. Ce titre de Studium Generale manifeste la diversité des enseignements dispensés, sa caractéristique non privée (ouverte à tous) et la validité de ses diplômes. A cette époque, il y a onze chaires spécialisées en: Droit canon, Civil, Médecine, Logique, Grammaire et Musique. Grâce à ce titre, le roi voulait que ses sujets ne soient pas obligés d'aller dans le royaume de Castille pour étudier à l'Université de Palencia, à qui Alphonse VIII de Castille avait donné ce titre en 1208.
Lors de l'union du Royaume de León à la couronne de Ferdinand III de Castille, alors que le Studium de Salamanque gagnait en réputation, celui de Palencia perdait peu à peu de l'importance, jusqu'à disparaitre.
Sous le règne d'Alphonse X, le Studium Generale fut transformé en Université. Le roi publia ses premières ordonnances, la dotant de ses premières chaires stables, comme celle de musique, et créant la charge de bibliothécaire; elle a été la première université de Europe qui prit ce nom et qui possédait une bibliothèque publique. En plus des rois, divers papes ont favorisé l"université: Alexandre IV confirma l'Université dans une bulle de 1255.
Il a fallu deux siècles pour que l'institution possède ses propres bâtiments où diffuser l'enseignement. Jusqu'à ce moment, les classes se tenaient dans le cloître de la Cathédrale de Salamanque, dans des maisons louées au chapitre et dans l'église Saint Benoit. Le premier édifice proprement universitaire a été le Grand Collège de San Bartolomé connu sous le nom d'Ancien Collège (Colegio Viejo), fondé par l'évêque Diego de Anaya Maldonado, en 1401. Le cardinal aragonais Pedro de Luna, qui deviendra plus tard l'Antipape Benoit XIII, grand protecteur de l'institution, poussa à l'achat des premiers terrains et à la construction de l'Hôpital du Studium (Hospital del Estudio, actuel rectorat), des Petites Écoles (Escuelas Menores) et des Grandes Écoles (Escuelas Mayores . Ces dernières sont connues parfois comme l'édifice historique de l'université, à partir de 1411. Cette année là, Pedro de Luna donna les premières constitutions qui furent remplacées en 1422 par celles de Martin V.
En plus des Écoles, les enseignements étaient donnés dans les Colegios Mayores et Menores ou dans des couvents des ordres religieux. Dans l'Espagne du Siècle d'or, il y avait seulement six Colegios Mayores. Les quatre de Salamanque étaient les Collèges de San Bartolomé, d'Oviedo, de Cuenca et de Fonseca. Il faut ajouter celui de Santa Cruz à Valladolid et celui de San Ildefonso en Alcalá. Salamanque possédait de plus un grand nombre de colegios menores et autres centres universitaires de divers type.
Christophe Colomb présenta son plan d'une expédition vers l'Asie à l'université dans l'espoir d'obtenir une aide financière de la dynastie régnante.
Le père Georges-Henri Lévesque a contribué à la création de la faculté de sciences sociales.