En date du 19 août 2008, le film reçu un accueil mitigé avec un pourcentage d'approbation de 33% sur 153 critiques compilées par le site Rotten Tomatoes avec une note moyenne de 4.9/10. Sur le site de Metacritic, le film obtient une note de 47%, ce qui signifie une note moyenne, sur 33 critiques comptabilisées.
Il aura fallu attendre longtemps depuis la fin de la série en 2002 pour voir ce projet de deuxième film concrétisé. En effet, malgré plusieurs déclarations plus ou moins crédibles, ce n'est que le 29 octobre 2007 que la 20th Century Fox, le studio produisant la série, confirme officiellement le projet.
Le tournage a débuté le 10 décembre 2007 et s'est principalement déroulé dans la région de Vancouver et de Pemberton en Colombie-Britannique. Dans la liste des productions de la guilde des réalisateurs de Colombie Britannique, on retrouvait justement le fameux Done One, le titre de travail pour X-Files 2, dont le réalisateur est un certain Rich Tracers (une anagramme de Chris Carter). Le producteur exécutif serait Brent O'Connor qui a déjà travaillé sur MillenniuM, l'autre série phare de Carter. On retrouve d'ailleurs, sur d'autres listes de production faisant référence à Done One, d'autres noms connus tels que Bill Roe ou David Gauthier, qui ont tous deux travaillés sur plusieurs épisodes de X-Files.
La société de production indiquée est The Crying Box Productions Inc.. On peut se demander pourquoi il ne s'agit pas de la société de Carter, Ten Thirteen Productions. Il ne s'agit peut-être, là encore, que d'un moyen pour brouiller les pistes, mais les fans ont bien été entraînés au cours des 9 années durant lesquelles la série a été diffusée.
Le film est sorti le 23 juillet 2008 dans certains pays comme l'Égypte ou la Jamaïque, soit deux jours avant sa sortie aux États-Unis et au Canada le 25 juillet 2008. En Belgique, en France et en Suisse romande le film est sorti le 30 juillet 2008, bien que de nombreuses avant-premières ont eu lieu le jour d'avant.
Si ce deuxième film est une réussite, un troisième volet pourrait voir le jour par la suite.
La musique du film est composée par le vétéran de la série Mark Snow. Il a enregistré la partition avec le Hollywood Studio Symphony en mai 2008 au Newman Scoring Stage de la 20th Century Fox, Californie.
Une musique intitulée Memories Child de Jamison Young a été utilisée dans la BO du film.
En date du 7 janvier 2009, le film aurait récolté 20 982 478 dollars sur le territoire nord-américain et 47 296 622 dollars à l'international, pour un total de 68 279 100 dollars ce qui couvrirait le budget de production du film qui serait de 30 000 000 dollars plus 5 000 000 dollars de budget publicitaire.