Décidés à rejoindre l’Angleterre, les 5 pilotes de la 11 escadrille ayant conservé leur appareil constatent avec amertume que les appareils ont été sabotés. Comme d'autres, Witmeur décide de rentrer chez lui. Sur le chemin, il est fait prisonnier mais parvient à s’échapper en vélo. Après plusieurs tentatives pour s'échapper, il est finalement repris et emmené en Prusse-Orientale à l’oflag VII B. C'est finalement peu avant Noël 1940 que Witmeur, comme plusieurs de ses camarades, reçoit un sauf-conduit pour rejoindre Liège. Il apprend qu’il est recherché par les Allemands. Convoqué, fera partie des 20 premiers otages de la ville de Liège en cas de représailles. Il est contacté par Paul Doneux qui lui propose de travailler pour un service de renseignement en attendant de rejoindre l’Angleterre.
En juillet 1941, les sergents Pirotte et Van Gompel lui proposent de rallier l’Angleterre avec un avion de tourisme conservé dans une ferme. Méfiant et n’ayant pas d’information sur l’appareil en question, Witmeur refuse : les deux hommes sont arrêtés par les Allemands puis déportés à Dachau. Il sera d’ailleurs confronté à d’autres trahisons durant la période de l’occupation. Le 8 août 1941, il porte secours à un équipage de 6 anglais qui s’était posé avec leur bombardier Wellington sur l’aérodrome de Deurne occupé par la Luftwaffe. Il parvient à confier quatre des hommes au réseau Beaver Baton spécialisé dans le renseignement et le sauvetage d’aviateurs alliés. Requis pour effectuer des prestations de surveillance de voies, il ne recueillera à cette occasion que peu de renseignements utiles. Il apprend le métier de relieur en vue de dissimuler des messages dans la reliure des livres. En avril 1942, Witmeur doit rejoindre Londres en passant par l’Espagne. Son voyage à peine entamé s’achève à Bruxelles après avoir été arrêté par les Allemands en compagnie de son contact Paul Pochet. Il est incarcéré à la prison de Saint-Gilles. Après plusieurs mois de détention, il est libéré un beau matin.
Le 22 septembre 1942, Witmeur retrouve son ancien commandant Paul Henry de la Lindi. Ce dernier le dissuade de rejoindre l’Angleterre, arguant que le temps pour devenir navigant opérationnel serait trop important, et qu’il serait d’une plus grande utilité en Belgique. Émile Witmeur fait désormais partie du réseau « Thomas More » nouvellement créé. Suite à l’infiltration d’agents allemands se faisant passer pour des pilotes parachutés, Witmeur doit faire profil bas pendant quelque temps. C’est la période la plus sombre pour l'ancien pilote belge qui voit l’anéantissement des réseaux de résistance kees Smit et Thomas More. En février 1944, Witmeur franchit une étape de plus en s’engageant dans un groupe armé. Les armes à la main, il participe à la libération de la ville en septembre 1944.
Dès la libération de Liège acquise, Witmeur offre ses services aux forces américaines installées sur le terrain de Bierset. Il rencontre le colonel Laurence S. Fulwider du 42nd Air Depot Group de la 9th Air Force de l’USAAF. C’est d’ailleurs le colonel en personne qui lui fera reprendre l’air à bord d’un bimoteur Lockheed P-38 Lightning, son premier vol depuis le 27 mai 1940. Witmeur dispose sous ses ordres de 130 civils après avoir été nommé Manager of Engineering par les Américains. Suite à la contre-offensive allemande dans les Ardennes, la base de Bierset accueille des centaines d’appareils apportant des fûts de kérosène dans le cadre de l’opération « Red Ball ». Witmeur hérite d’un Piper Cub dont le pilote doit passer des congés en Angleterre. Pendant deux mois, il emmènera divers collaborateurs pour une balade dans le ciel de Bierset avant que les autorités américaines reprennent l’appareil.