Étant donné que l'aciclovir peut être incorporé dans l'ADN cellulaire, il est un mutagène de chromosome, de ce fait, sa prescription doit être évitée chez la femme enceinte. Cependant, il n'a jamais montré d'effet tératogène ou carcinogène.
Le seuil de toxicité (LD50) de l'aciclovir lors de l'administration par voie orale dépasse les 1 mg·kg-1, à cause de la faible absorption par le tractus gastro-intestinal. Des cas isolés ont été rapportés, où des doses extrêmement hautes (jusqu'à 80 mg·kg-1) ont été accidentellement administrées par voie intraveineuse, sans causer d'effets secondaires.
Les effets indésirables les plus courants sont une irritation locale ou une sensation de piqûre ou de brûlure au niveau de la zone d'application de la pommade, et des céphalées lors de la prise par voie orale.
La résistance à l'aciclovir évolue assez rapidement, bien que ceci ne gêne pas son utilisation clinique. Les formes résistantes sont le plus souvent des virus ayant subi une mutation de leur thymidine kinase ou de leur ADN polymérase.