Le 11 novembre 1789, Pingré offre à l'État la bibliothèque du chapitre Sainte-Geneviève, alors même que les chanoines essaient d'obtenir de la municipalité de Paris leur maintien comme desservants de la nouvelle église paroissiale. Pingré prête ensuite le serment de liberté et d'égalité.
Pingré participa à la création du Calendrier républicain. La Convention nationale avait confié la création de ce nouveau calendrier à une commission formée de Gilbert Romme et de Claude Joseph Ferry. Ces derniers qui demandèrent demandèrent que Charles-François Dupuis, député et spécialiste des calendriers antiques, leur soit adjoint. Ils associèrent ensuite à leurs travaux plusieurs astronomes : Louis-Bernard Guyton-Morveau, Joseph-Louis Lagrange, Joseph Jérôme Lefrançois de Lalande, Gaspard Monge, et Alexandre Guy Pingré.
C'est ainsi que le janséniste Pingré contribua à la déchristianisation du temps. Cela n'empêcha pas que le 31 mars 1795, il soit coopté par le presbytère de Paris, sous influence janséniste, pour sa science théologique, pour réorganiser les paroisses parisiennes au sein de l'église constitutionnelle.
Dans l'éloge funèbre de Pingré, Etienne-Pierre Ventenat dira : « Le zèle qu'il a montré en se déclarant partisan de la révolution française semble prouver qu'il eut peut-être déployé une énergie semblable à celle du Solon américain s'il se fût trouvé dans les mêmes circonstances. ».
Pingré était Vénérable de la loge Les Cœurs Simples de l'Étoile Polaire, à l'Orient de Paris, second surveillant de la Chambre des provinces, puis Grand orateur du Grand Orient de France. Lors de la pose de la première pierre de la nouvelle église Sainte-Geneviève, il rédigea le quatrain suivant : « Lorsque le Sceptre en main Louis dicte des lois / Dans son maître en français bénit un tendre père / Si, pour fonder un temple il prend en main l'Equerre / Dans son frère un maçon voit le plus grand des rois ».