Les alphavirus ont un intérêt pour les chercheurs en thérapie génique. Le virus de la Ross River, le virus Sindbis, le virus de la forêt de Semliki et le virus de l'encéphalite équine du Venezuela, ont tous été utilisés pour développer des vecteurs viraux pour le transfert de gènes. Il existe un intérêt particulier pour les virus chimères pouvant être formés avec des enveloppes d’alphavirus et des capsides de rétrovirus. Ces chimères sont appelées pseudo virus. Des pseudotypes de rétrovirus ou de lentivirus avec une enveloppe d’Alphavirus sont capables d’intégrer les gènes qu'ils portent dans les cellules hôtes potentielles qui sont reconnues et infectées par les protéines d'enveloppe d’alphavirus E2 et E1. L'intégration stable des gènes viraux est réalisée par l’intermédiaire de la partie interne de ces vecteurs rétroviraux. Il existe des limites à l'utilisation des alphavirus dans le domaine de la thérapie génique en raison de leur manque de spécificité, cependant, par l'introduction de zones variables d'anticorps dans une boucle non conservée de la structure d’E2, pour cibler des populations spécifiques de cellules. En outre, l'utilisation d’alphavirus entier pour la thérapie génique est d'une efficacité limitée à la fois parce que plusieurs protéines internes de l’alphavirus sont impliquées dans l'induction de l'apoptose faisant suite à l'infection, mais aussi parce que la capside de l’aphavirus est la seule à intervenir dans l'introduction transitoire d'ARNm dans les cellules hôtes. Aucune de ces limites ne concerne les pseudotypes de rétrovirus ou de lentivirus à enveloppe d’alphavirus. Toutefois, l'expression de l'enveloppe du virus de Sindbis peut provoquer l'apoptose, et son introduction dans les cellules de l'hôte infectées par un pseudo rétrovirus avec une enveloppe du virus de Sindbis peut également conduire à la mort cellulaire. La toxicité de l'enveloppe des virus Sindbis peut être la cause de la très faible productivité des cultures de cellules destinées à produire des pseudotypes de Sindbis. Une autre branche de la recherche impliquant les alphavirus est la vaccination. Les alphavirus sont susceptibles d'être modifiés pour créer des Réplicons vecteurs qui induisent une réponse immunitaire humorale et cellulaire efficace. Elles pourraient donc être utilisées pour la vaccination contre les virus, les bactéries, les protozoaires, et les antigènes tumoraux.