Les personnes adoptant une position critique envers l'Association Médicale Américaine, incluant l'économiste Milton Friedman, affirme que l'association agit comme une guilde au service du gouvernement et qu'il a cherché à augmenter les salaire des médecins et leurs honoraires en tentant de limiter leur nombre. Dans son libre Free to Choose, Firedman dit : "L'AMA s'est engagé dans un âpre combat en condamnant les activités des chiropracticiens et des ostéopathes, cherchant à limiter le plus possible leurs activités".
Profession and monopoly, un livre publié en 1975 est très critique envers l'AMA estimant qu'elle cherche à limiter le nombre de médecin et à augmenter les prix des soins médicaux aux États-Unis. Ce livre déclare que le nombre de médecin est volontairement maintenu à un niveau insuffisant par l'AMA pour assurer de hauts revenus aux médecins pratiquants. Il met en évidence qu'aux États-Unis, le numerus clausus et la taille des écoles de médecine sont volontairement contrôlés par des Commissions d'Attribution de Licence contrôlées par les représentants des sociétés médicales comme l'AMA. Ce livre critique aussi les règles éthiques adoptées par l'AMA qui restreignent la publicité et d'autres types de compétitions commerciales entre les professionnels de la Santé. Il met en évidence que faire de la publicité ou négocier les tarifs peuvent amener à l'exclusion du médecin de l'AMA et à la révocation légale de sa licence. Le livre révèle aussi qu'avant 1912, l'AMA proposait des honoraires uniques pour l'ensemble des spécialités médicales au sein de son Code de l'Ethique. L'influence de l'AMA dans la gestion des hôpitaux est aussi critiquée dans ce livre.
L'AMA est aussi critiquée pour sa gestion des licences médicales dont une partie significative sont attribuées à des compagnies pharmaceutiques, qui les utilisent pour contrôler les prescriptions des médecins. Elle continue ces pratiques malgré des plaintes de certains médecins.
La proportion des médecins adhérents à ce groupe s'est considérablement réduite pour n'atteindre plus que 19%. En 2004, l'AMA annonce 244 569 membres, comprenant les médecins pratiquants et à la retraite, les étudiants en médecine et les résidents. La Medical School Section (MSS) rapporte, elle, un total de 48 868 membres alors que la Resident and Fellow session (RFS) rapporte un total de 24 069 membres. Combinés, ceux-ci représentent 30% des membres de l'AMA. Si l'ensemble des autres membres de l'AMA, donc, sont des médecins pratiquants pleinement qualifiés, alors l'AMA ne représente bien que 19% des médecins pratiquants américains (ils sont actuellement approximativement 900 000). Cependant, MedPage Today estime que l'AMA ne représente seulement que 135,300 "vrais médecins pratiquants" en 2005 (soit 15% des médecins pratiquants aux États-Unis). Lorsque le sujet est abordé, Dr. Jeremy Lazarus, orateur pour la Maison des Délégués de l'AMA, déclare que le nombre de membres est stable, évitant de commenter les autres estimations.