La phylogénie de ce genre est l'un des plus confuse parmi les oiseaux. La compréhention de la phylogénie du groupe est rendue difficile du fait de la radiation évolutive au pléistocène tardif - ce qui est récent - et la dissimination importante de ce groupe. En outre l'hybridation joue encore probablement un rôle majeur pour ces espèces dans leur évolution, les hybrides fertiles n'étant pas rare comme par exemple chez le Anas oustaleti.
Les relations entre ces espèces sont difficiles à déterminer, et les données basée sur les séquences ADN mitochondrial sont sujettes à caution par ailleurs les séquences d'ADN nucléaire évoluent trop lentement pour permettre de résoudre la phylogénie.
Les études phylogénétiques suggèrent que ce groupe devrait être éclaté en plusieurs genres Mareca, Spatula, Punanetta, Querquedula
On remarque cependant que les espèces de l'hémisphère sud ont des dimorphismes sexuels moins marqués que celles de l'hémisphère nord.
Plusieurs fossiles d'Anas ont été décrit, leurs relations dans le genre étant souvent incertaines:
Une espèce nommée Moa-nalo semble être proche de ces espèces