Les marées de grande amplitude et la présence de rochers et d'écueils sur le pourtour des côtes de l'archipel sont à l'origine d'un grand nombre de naufrages et accidents maritimes.
Plusieurs navires, principalement à vapeur, y ont fait naufrage entre le XIXe et le XXe siècle, notamment : le bateau à vapeur britannique El Dorado s'est échoué dans les Farilhões en 1885, le bateau à vapeur portugais Gomes VIII a fait naufrage à Baixa do Rinchão (près de Cerro da Velha) en 1899, ou le bateau à vapeur italien Primavera s’est échoué à Berlenga Grande en 1902. Le 18 juillet 1914, un navire anglais, le Camrose, s’échoue sur l’archipel à cause du brouillard très fréquent dans les parages.
On peut citer également les navires grecs, Polixeni échoué aux îles Estelas en 1905, le Cornellius qui a fait naufrage à Farilhões en 1910. Le Maroudio Inglessi a fait naufrage à Baixa do Broeiro (Estrelas) en 1921, l'Andrios s’est échoué à Berlenga Grande en 1926, le Sappho a fait naufrage aux îles Estelas en 1932 et enfin le bateau à vapeur anglais Highland Hope a fait naufrage à Farilhões en 1930.