Boèce fut l'écrivain et le philosophe le plus distingué de son temps. Il a composé des traités de théologie, de philosophie, de mathématiques et de musique.
Il avait embrassé la doctrine d'Aristote et commenté ses ouvrages. La question du christianisme de Boèce est posée, d'une part du fait des emprunts néo-platoniciens visibles dans ses écrits philosophiques et sans doute aussi parce qu'il importe les traités logiques d'Aristote (les Analytiques) dans ses écrits théologiques ; on en a même fait un martyr : c'est qu'on l'a confondu avec un autre Boëce, évêque en Afrique au VIe siècle. Par ailleurs, la Consolation de la Philosophie ne mentionne pas le Christ, mais seulement les philosophes païens.
Boèce a forgé le terme « quadrivium », ou voie quadruple, pour désigner les études scientifiques qui devaient suivre le trivium (grammaire, dialectique et rhétorique), à savoir l'arithmétique, la géométrie, la musique et l'astronomie.
Boèce a joué un rôle majeur dans la démarche intellectuelle des siècles suivants et l'émergence de la pensée. Ses explications des catégories d'Aristote ont fourni le modèle du commentaire médiéval. Il a transmis les doctrines néoplatoniciennes et l'essentiel de la logique aristotélicienne, dont il fait le premier un usage dans ce qu'on pourrait appeler un travail de théologien. Ce qu'on appelle la logica vetus, "logique ancienne", antérieure à 1225-1250, doit tout ou presque à Boèce, puisqu'elle regroupe : a) deux traités de lOrganon d'Aristote, les Catégories et De l'interprétation, traduits par Boèce en latin ; b) lIsagoge de Porphyre de Tyr, traduit par Boèce ; c) les Topiques de Cicéron, commentés par Boèce ; d) les traités logiques de Boèce.
Boèce est un relais majeur entre l'Antiquité et le Moyen Âge, voire les temps modernes.
Pour Ignatius Reilly, héros de La Conjuration des imbéciles de John Kennedy Toole, Boèce est son parangon qui lui a instillé sa vision du monde.