Outre les participations à 100% dans les filiales SBB Cargo Italia Srl et SBB Cargo Deutschland GmbH, CFF Cargo détient également la totalité du capital actions de ChemOil Logistics SA de Bâle (transports de produits chimiques et d'huiles minérales), ainsi que des parts minoritaires de RAlpin SA, Berne (30%), de Hupac SA, Chiasso (23,85%) et de Termini SA, Chiasso (20%).
CFF Cargo participe à l'Alliance Xrail fondée le 18 février 2010, avec DB Schenker Rail (Allemagne), Rail Cargo Austria, SNCB Logistics (Belgique), Green Cargo (Suède), CD Cargo (République tchèque) et CFL Cargo (Luxembourg) dont le but est de pouvoir mieux coordonner leurs réseaux en matière de trafic de marchandises par wagons complets (TWC), de respecter des standards de qualité en matière de ponctualité, d'offre et de transparence. Le but est également d'optimiser l'efficacité des systèmes pour couvrir les coûts de production du TWC en Europe et de renforcer la compétitivité face à la route;.