Le carouge de Porto Rico (A. xanthomus) fut pour la première fois décrit à Porto Rico et à Vieques en 1862 par Philippe Sclater sous le nom d’Icterus xanthomus. L’espèce est fortement apparentée au carouge à épaulettes (Agelaius pheonicus) dont elle est probablement dérivée. Le Petit carouge (Agelaius humeralis), une espèce présente à Cuba et Haïti, est morphologiquement intermédiaire entre A. xanthomus et A. humeralis. Jusqu’à récemment, certains auteurs considéraient A. xanthomus comme une sous-espèce de A. humeralis. L’American Ornithologists' Union considérait que A. xanthomus, avec A. humeralis, formait une super-espèce. La principale différence physique entre ces deux espèces réside dans leurs becs, celui d’A. humeralis étant plus large à la base. La sous-espèce A. x. monensis, ou carouge de Porto Rico de Mona, fut décrite par Barnes en 1945 sur les îles de Mona et Monito.