Le carouge de Porto Rico est listé parmi les espèces menacées depuis le 19 novembre 1976 par le United States Fish and Wildlife Service . Une aire d’habitat critique fut par la suite établie sur l’intégralité des îles de Mona et Monito, la Roosevelt Roads Naval Station à Ceiba, une aire s’étalant de Cabo Rojo à Guanica au sud-ouest de Porto Rico, et une petite zone à San German.
La carouge abrite des pous. Les parasites se focalisent essentiellement sur la tête des oiseaux, et principalement des mâles adultes. Des mites du genre Acarina, Ornithonyssus bursa, et Anclrolaelaps casalis, ont également été observées dans les nids, mais on ne sait pas si elles représentent une menace. Une maladie fréquemment rencontrée chez le carouge de Porto Rico la variole aviaire. Les lésions causées par cette maladie se localisent principalement aux pattes et à l’articulation des ailes.
Le déclin de la population de carouge de Porto Rico est également imputable aux animaux qui visitent les nids. Ainsi, les rats, les petites mangoustes indiennes et les chats sauvages, tous introduits à Porto Rico, se nourrissent volontiers des oisillons ou des œufs. Les rats représentent la principale menace, s’attaquant aux œufs comme aux jeunes oisillons. Un rapport de 1983 a conclu que les rats étaient responsables de 48 % des échecs dans les nichées de carouge durant l’année. La période critique se situe de juillet à août, quand l’eau recule, laissant les mangroves accessibles par la terre. Depuis le milieu des années 1980, des nids artificiels en PVC ont été créés dans les bancs de boues entourant les forêts de mangrove pour réduire la menace causée par les rats. Ces structures remplacent les vieilles boîtes en bois et sont assez bien acceptées par les oiseaux. À l’heure actuelle, seulement quelques nids naturels sont observés dans cette zone.
La disparition de l’habitat et des sources d’alimentation et le parasitisme de couvée par le vacher luisant figurent parmi les principales menaces planant sur les populations de carouge de Porto Rico. Les prédateurs naturels, tels que le moqueur corossol (Margarops fuscatus), représentent également une menace, mais mineure. Ces animaux ont été observés volant les œufs et les jeunes des nids et également détruisant des nids.
La saison de reproduction du carouge de Porto Rico s’étale généralement d’avril et août, mais des comportements de reproduction peuvent être observés de février à novembre. Le début de la saison de reproduction coïncide avec le début de la saison des pluies, ce qui explique les fluctuations dans le début de cette période. L’espèce est monogame, un couple donnant naissancue à une nichée par an. Pour la principale sous-espèce comme pour la sous-espèce de Mona, les nids contiennent en moyenne 3 œufs (entre 1 et 4). Les œufs sont bleu-vert avec des points marrons et sont couvés durant 15 jours par la femelle. Pour les deux sexes la maturité sexuelle est atteinte à 1 an. Comme les autres espèces du genre Agelaius, le carouge construit un nid ouvert, en forme de coupe dans un arbre, mais la localisation des nids et leur forme dépend des lieux et des matériaux disponibles. La population de la station navale de la route de Roosevelt fait ses nids dans des creux dans la mangrove, tandis que la sous-espèce de Mona bâti dans des saillies ou des crevasses près des falaises bordant les côtes. En tout, huit différents habitats peuvent abriter les nids de l’espèce : bancs de boue, la mangrove rouge, les forêts de mangrove noire, les plaines côtières, les aires péri-urbaines, les plantation de cocotiers et les falaises. La construction du nid est réalisée par les femelles seules tandis que l’alimentation des jeunes est effectuée conjointement par le mâle et la femelle. Les oisillons quittent le nid 13 à 16 jours après l’éclosion. Les mâles défendent un petit territoire, environ 3 mètres autour du nid, pendant la période de nidification. Avant cette période ils défendent un territoire plus large pour repousser les autres mâles.
Le carouge de Porto Rico a été observé s’appliquant des fourmis du genre Pheidole sur le corps et les plumes pendant une courte période de temps, un comportement rare que l’on observe uniquement chez le tangara de Porto Rico aux Antilles. L’espèce pratique également le houspillage, un comportement dans lequel plusieurs oiseaux, d’une ou plusieurs espèces, attaquent un prédateur connu (généralement pour défendre les œufs).