L’algologue
Flahault fut pendant douze ans l’élève et le collaborateur de l’algologue Jean-Baptiste Édouard Bornet (1828-1911), membre de l’Institut. Son ouvrage révisant les Nostocacées fait encore aujourd'hui autorité. Il est par ailleurs l'auteur d'un travail sur les algues perforantes des coquilles des mollusques qui a été pour lui l'occasion de faire une incursion en paléontologie et de faire progresser cette partie de la biologie.
Le phytogéographe
Un des grands mérites de Charles Flahault est d'avoir été le premier à concrétiser l'idée d'une cartographie synthétique de la végétation. Avant lui, des cartes botaniques transcrivaient soit la répartition d'espèces ou de familles végétales, soit, plus rarement, celle de grandes formations végétales. Cette idée est formulée pour la première fois en 1894. Il réalisera lui-même, au début du XXe siècle, la cartographie au 1/200.000 des étages de végétation sur un domaine immense - environ un dixième de la France. Ce travail, resté inédit, servira de base et sera en partie à l'origine de la Carte du tapis végétal de la France au 1/1.000.000 réalisé en quatre feuillets et dix ans de travail par Henri Gaussen (1891-1981) et publiée en 1936.
Le phytosociologue
Dès 1901, Flahault pose les bases de la phytosociologie, ébauchant en particulier le concept d'association végétale, qui sera développée par la suite (1915) par son élève Josias Braun-Blanquet (1884-1980).
Le pédagogue
Parmi ceux qui bénéficièrent des enseignements de Charles Flahault, on peut citer le Suisse J. Huber, l’Écossais R. Smith et l’horticulteur Joseph Marie Philippe Lévêque de Vilmorin (1872-1917).
Charles Flahault et Montpellier
Création de l’Institut de Botanique de Montpellier, inauguré le 14 avril 1890, et qui sera visité par le président de la République, Sadi Carnot, le 24 mai suivant. Le bâtiment, devenu vétuste, fut détruit en partie en 1946 et remplacé par les locaux actuels, construits sous l’impulsion de son gendre Louis Emberger. C'est aujourd'hui une propriété de l'Université Montpellier 2 et abrite encore des laboratoires de recherche dans le domaine de l'écologie et de la parasitologie, c'est également le siège du Pôle Universitaire Européen de Montpellier. L'avenue Charles Flahault, à Montpellier, rappelle l'importance de son œuvre et le rôle de l'Institut qu'il créa dans le rayonnement de la botanique montpélieraine.
Le vulgarisateur
Désireux de faire connaître la botanique au grand public et, en particulier, à la jeunesse, il fit publier chez Klincksieck à Paris, dès 1906, un des tout premiers ouvrages de poche, colorié, consacré à la flore des Alpes et des Pyrénées.
Œuvres
- Recherches sur l’accroissement terminal de la racine chez les phanérogames (thèse de doctorat), G. Masson, Paris, 1878 (198 pp., 8 pl.)
- Observations sur les modifications des végétaux suivant les conditions physiques du milieu, An. Sc. Nat. Bot. 6, VII, p. 93-125, 1878 (avec Gaston Bonnier).
- Nouvelles observations sur les modifications des végétaux suivant les conditions physiques du milieu, An. Sc. Nat. Bot. 6, IX, p. 159-207, (1878).
- Phénomènes périodiques de la végétation d’après les travaux météorologiques scandinaves, 1878
- Nouvelles observations sur les modifications des végétaux suivant les conditions physiques du milieu, B.S.B.F., XXXVI, p. 346-350, (1879).
- Distribution des végétaux dans les régions moyennesde la presqu’île scandinave, 1879 (avec Gaston Bonnier)
- Révision des Nostocacées Hétérocystées contenues dans les principaux herbiers de France, 1886-1888 (avec Bornet) (réimprimé en 1959)
- Sur quelques plantes vivant dans le test calcaire des Mollusques, B.S.B.F., 36, 1889.
- La répartition géographique des végétaux dans un coin du Languedoc (département de l’Hérault), Montpellier, 1893
- Projet de carte botanique, forestière et agricole de la France, 1894
- Sur la flore de la Camargue et des alluvions du Rhône, B.S.B.F., 41, 1894 (avec P. Combres).
- Au sujet de la carte botanique, forestière et agricole de la France, et des moyens de l’exécuter, 1896
- La flore de la vallée de Barcelonnette, 1897
- La distribution géographique des végétaux dans la région méditerranéenne française, Paris, 1897 (publié par Gaussen en 1937)
- Essai d’une carte botanique et forestière de la France, 1897
- La flore et la végétation de la France, Klincksieck, 1901
- La flore et la végétation de la France, introduction à la Flore de France de H. Coste, Paris, 1901
- Les limites supérieures de la végétation forestière et les prairies pseudo-alpines en France, R.E.F., 1901
- Premier essai de nomenclature phytogéographique, Bulletin de la Société languedocienne de géographie, Montpellier, 1901
- La nomenclature en géographie botanique, Annales de Géographie, X, 1901
- La paléobotanique dans ses rapports avecla végétation actuelle, Klincksieck, Paris, 1903
- Les hauts sommets et la vie végétale, La Montagne, Club alpin français, 1904
- Rapport au sujet des jardins botaniques de l’Aigoual, Montpellier, 1904
- Nouvelle flore coloriée de poche des Alpes et des Pyrénées, Série 1, Librairie des Sciences naturelles Paul Klincksieck, 1906 (volume II de la collection)
- Les jardins alpins, A.G., 1906
- Préface de l'Hortus Vilmorianus, 1906
- Introduction au Catalogue des plantes vasculaires dans le département du Var par Albert et Jahandiez, 1908.
- Nouvelle flore coloriée de poche des Alpes et des Pyrénées, Série 2, Librairie des Sciences naturelles Paul Klincksieck, 1908.
- Rapport sur la nomenclature phytogéographique (avec Carl Joseph Schröter (1855-1939)), Actes du IIe Congrès international de botanique, Wildemann, Bruxelles, 1910
- Nouvelle flore coloriée de poche des Alpes et des Pyrénées, Série 3, Librairie des Sciences naturelles Paul Klincksieck, 1912.
- Notice sur les travaux scientifiques, Firmin et Montane, Montpellier, 1917
- Les Causses du Midi de la France, Bulletin de la Société languedocienne de Géographie, III-3, IV, V-1, 1932-1934.
- La distribution géographique des végétaux dans la région méditerranéenne française, Encyclopédie biologique Lechevalier, 1937.