L'espèce peut être confondue avec le chénopode hybride (Chenopodium hybridum) et le chénopode rouge (chenopodium rubrum), deux autres chénopodes qui partagent les caractéristiques du chénopode blanc. L'épazote (chenopodium ambrosioides ou Herba sancti mariae) présente un évident degré de toxicité, en particulier au niveau des graines et de l’huile qui en est tirée. Il est reconnaissable grâce à son odeur de citronnelle que n’ont pas les autres chénopodes.
Il se distingue des arroches en ce que seulement les 2 ou 4 premières feuilles sont disposées par paires opposées, et de la plupart des autres mauvaises herbes par ses feuilles triangulaires-larges à dents irrégulières et peu profondes.