La clinique ne pouvant permettre de poser à coup sûr le diagnostic de ciguatera, il pourrait être intéressant, dans certaines circonstances (doute diagnostic, diagnostic différentiel, cas grave, ...), de pouvoir confirmer cette hypothèse diagnostique par un examen complémentaire. Or, il n’existe aucun moyen de détection simple, fiable, peu coûteux et facile à utiliser en pratique. Les examens biologiques standard peuvent seulement montrer des anomalies en rapport avec une déshydratation aiguë, il n'existe pas de syndrome inflammatoire, le bilan hépatique est normal, certains cas s'accompagnent d'une augmentation des enzymes musculaires (créatine phosphokinase).
Seuls des tests réalisés sur des restes de poissons permettent d’affirmer ou infirmer la présence de toxines ; ils ne sont réalisés que par des laboratoires spécialisés du fait de la complexité des opérations : extraction des fractions lipidiques, purifications par chromatographie HPLC, mise en évidence des toxines. Les tests sur les animaux ont été largement utilisés, notamment sur la souris qui présente une sensibilité particulière aux toxines. Des abaques ont été réalisées, permettant une analyse semi-quantitative : relation entre la quantité de toxines injectées et le temps de survie.
Des tests cellulaires ont ensuite vus le jour. Ils consistent notamment à étudier la toxicité de l’extrait sur des neuroblastomes de souris : la mise en contact de cellules traitées avec d’autres composés cytotoxiques entraînera une mort cellulaire plus rapide en présence de CTX. Ces tests sont plus sensibles que les tests sur animaux puisqu’ils permettent de détecter des concentrations de ciguatoxines de l’ordre du picogramme (sensibilité 10 000 fois supérieure).
D’autres types de tests permettent de confirmer la présence des toxines sur HPLC en les marquant par des fluorochromes ou en les analysant à la spectrophotométrie de masse (cette technique a d’ailleurs permit de découvrir la structure moléculaire de plusieurs des ciguatoxines).
Enfin, des tests immunochimiques ont été développés et sont les plus prometteurs, notamment pour l’élaboration de tests utilisables sur le terrain. Ces tests ont comme principe la réaction antigène-anticorps, où l'antigène sera constitué par les CTX. Le complexe antigène-anticorps est par la suite mis en évidence en marquant l’anticorps par une fluorescéine (immunofluorescence), un élément radioactif (radiomarquage) ou une enzyme dont l’activité est repérée par spectrophotométrie, colorimétrie ou fluorométrie (tests immuno-enzymatiques). Ce sont ces derniers qui ont été utilisés dans divers tests de détection rapides : ciguatest®, ciguacheck®. Ces différents test consistent à mettre en contact une bandelette ou un bâtonnet (sur lesquels sont absorbés des anticorps) avec la chair du poisson puis à immerger ce matériel dans une solution de substrat chromogène. L’intensité de la coloration renseigne sur la teneur en toxines. Ils permettraient de détecter les poissons à risque pour l'homme contenant plus de 0,08 ppb d'équivalents P-CTX1B, avec une limite de détection à 0,05 ppb (en se rappelant que la symptomatologie apparaît à environ 0,1ppb). Ces tests présentent donc l’avantage de pouvoir être effectués sur le terrain mais ils présentent de nombreux faux-positifs liés à des réactions croisées avec d’autres toxines marines dont l’acide okadaïque et la brévétoxine) ; ils sont aussi relativement chers (10 $US l’unité).
Des tests plus sensibles et spécifiques sont en cours de développement : ils utilisent plusieurs anticorps monoclonaux dirigés contre les parties communes aux ciguatoxines (technique du sandwich).
Notons enfin que les populations des zones endémiques possèdent leurs propres moyens de détection, la plupart n’ont pas fait leur preuve scientifique. Ceux qui semblent les plus plausibles sont ceux qui utilisent des animaux comme le chat qui présente des vomissements, syndrome cérébelleux voire qui meurt s’il ingère un poisson ciguatoxique (la littérature mentionne également le cas d’un homme qui faisait goûter le poisson à sa belle-mère, à son insu). Se passer le foie d’un poisson ciguatoxique sur les gencives pourraient aussi entraîner des paresthésies chez un sujet déjà sensibilisé.