La Confédération étudiante est née début 2003 d'un petit nombre de membres de l'UNEF (dont une élue au CNOUS et un élu CNESER) issus de la Tendance syndicale (minoritaire) en rupture avec la ligne nationale. Ils sont rejoints par les AGE d'Angers, de Nantes, de Limoges, de La Rochelle, de Paris 3, de Paris 5 et de Sceaux issus de la même tendance ; ralliées par plusieurs associations locales : TNT (Marne la Vallée), Jade (Bordeaux 4), JTL1 (Toulouse 1), Association étudiante d'Amiens, Re Agir (Montpellier 2), Associatif pour la défense des étudiants (Orléans), Change ta fac (Le Mans), Réunir (La Réunion), et soutenus par la CFDT (et notamment par Nicole Notat).
À l'origine du départ de l'UNEF, certains militants accusaient la direction d'être sous la tutelle du Parti socialiste et de « jouer le jeu de ses courants ». Ce départ fait aussi suite à la réunification des deux UNEF en 2001, qui selon la présidente de la Cé, Julie Coudry, l'aurait « radicalisée » et notamment fait prendre position contre la réforme LMD.
Démarche syndicale
La Cé propose une démarche de « Syndicalisme réformiste » (en affirmant par exemple que la réforme de l'université est « une nécessité vitale ») qui s'inscrit dans le cadre de ses valeurs de « démocratie, de solidarité et d'Europe ».
Mode d'action
La Cé s'inscrit dans le système de représentation des étudiants aux sein des conseils centraux d'universités (appartenant ainsi à une tendance dite « co-gestionnaire » du syndicalisme étudiant axée sur la représentation des étudiants, se différenciant du syndicalisme de lutte) et des organes de représentations nationaux auprès du ministère comme le Conseil national de l'enseignement supérieur et de la recherche.
Tout en appelant à massifier les Assemblées générales d'universités lors des mouvements étudiants pour « marginaliser les radicaux », elle revendique pour celles-ci des « exigences démocratiques » notamment par l’organisation de « référendums » à bulletin secret lors de la grève et du blocage d’une université.
Campagnes et positions
Après avoir porté l'insertion des étudiants comme troisième mission de l'université et une amélioration du système d'orientation des étudiants, la Cé est favorable a une augmentation des dotations des universités afin de rendre effectives ces évolutions. La Cé soutient le principe de l’enseignement supérieur professionnalisant.
Elle réalise avec la CFDT, des campagnes pour la défense des droits des travailleurs saisonniers.
En 2003, la Cé s'est prononcée pour la Réforme LMD et pour la Constitution européenne en 2005. Elle a participé en 2006 à l'intersyndicale opposée au contrat première embauche. Lors du mouvement contre la loi LRU (2007), la Cé n'en a pas demandé l'abrogation et selon Robi Morder du GERME elle s'est située « en dehors de la coordination » étudiante.