Filtrant l'eau de mer, les coquillages retiennent les toxiques, et constituent donc un indicateur particulièrement précieux de la pollution marine. Trois types de contaminants s'y accumulent : les résidus chimiques, les pollutions microbiologiques (liés aux dysfonctionnements des stations d'épuration et aux activités agricoles) et, depuis une vingtaine d'années, les substances toxiques produites par certaines espèces de micro-algues, qui peuvent provoquer des désordres gastro-intestinaux ou neurologiques, voire des intoxications, lorsque les coquillages sont consommés. Ce dernier phénomène a été clairement caractérisé pour la première fois dans les années 1970, les pollutions augmentant de manière importante dans les années 1990, avant de se stabiliser dans les années 2000. En cause : les eaux de ballast des navires, qui ont propagé les algues toxiques sur tout le globe. La pollution locale est un facteur aggravant : l'afflux d'azote et de phosphore venu des villes et des exploitations agricoles favorise les efflorescences d'algues.