Son nom scientifique est dérivé du grec ancien φαλακροκόραξ / phalakrokórax (de φαλακρός / phalakrós, « chauve » et κόραξ / kórax, « corneille » ou « corbeau ») et du latin auritus, « oreillard », ce qui fait référence à ses aigrettes.
De même, son nom vernaculaire se réfère aux aigrettes présentes lors du plumage nuptial.
En 1894, Thomas McIlwraith mentionne des groupes « immenses » de cormorans à aigrettes dans son livre Birds of Ontario. Récemment, Linda Wires et Francesca J. Cuthbert ont affirmé qu'il y a des données solides qui suggèrent que les cormorans étaient autrefois au moins aussi nombreux que maintenant. Il semble qu'ils aient été chassés, comme d'autres espèces gibiers ou prédatrices, avant ou à partir du xixe siècle jusqu'à présent.
Le nombre de cormorans à aigrettes a diminué dans les années 1960 à cause des effets du DDT. En revanche, les populations ont récemment augmenté, ce qui pourrait être dû à une diminution des polluants, notamment le DDT. Il se pourrait également que les étangs de pisciculture aient contribué à l'augmentation des populations au sud de l'aire de répartition. Ces étangs favorisent la survie et la croissance des individus pendant l'hiver.
Il semble que les populations nichant dans la région des Grands Lacs aient bénéficié de l'introduction de Alosa pseudoharengus (un poisson proie du genre alose) dont la présence a produit des conditions optimales d'alimentation et donc de succès reproducteur. Les cormorans à aigrettes consomment aussi d'autres espèces et ont été impliqués dans le déclin des populations de poissons pêchés dans les Grands Lacs et ailleurs. Le rôle exact des cormorans à aigrettes par rapport à ces déclins est débattu par les scientifiques, mais certains croient que les cormorans sont un facteur pour certaines populations et dans certains lieux. Lorsque les cormorans sont perçus comme étant en compétition avec les pêcheurs, les colonies peuvent être persécutées.
Les membres du public ayant demandé le contrôle des populations, le United States Fish and Wildlife Service (habituellement chargé de la protection de cette espèce) a récemment donné des options de gestion des populations à d'autres paliers de gouvernement. Ces options incluent la chasse et des mesures pour empêcher la reproduction. L'U.S. Fish and Wildlife Service supervise ces activités et les mesures de contrôle des populations ne sont pas menées par le grand public (pas de saison de chasse). Aux États-Unis et au Canada, plusieurs agences gouvernementales essaient de déterminer la meilleure façon de gérer la situation.
Le Cormoran à aigrettes a été décrit par René Primevère Lesson en 1831. Cinq sous-espèces sont reconnues :