Les pièges de Cube Zero sont plus proches des pièges mécaniques et réalistes du titre original Cube, plutôt que les pièges de science-fiction de Cube² : Hypercube. Certains pièges de Cube font également leur réapparition.
La question de savoir ce qui arrive aux restes des victimes du Cube trouve une réponse dans Cube Zero. Le Cube est nettoyé thermiquement, lorsque celui-ci revient en position initiale, détruisant tout ce qu’il reste – à la fois les restes humains et les survivants qui n’ont pas trouvé la sortie. Ceci explique pourquoi l'intérieur de l’appareil n’est pas couvert des restes des victimes précédentes.
Cube Zero est réalisé après Cube et Cube²: Hypercube. Il reprend davantage du premier en ce qui concerne l'environnement métallique, l'ambiance carcérale de la structure. Son apport à ces deux précédentes versions consiste à révéler l'envers du décor. Le cube est gouverné par des agents de maintenance qui surveillent et procèdent à des tests sur les prisonniers depuis une salle de contrôle, sur ordre d'une autorité qui, elle, en revanche, demeure invisible. Car si le film vient apporter quelques éclaircissements sur le fonctionnement du piège, ils restent en marge d'une nouvelle énigme : les techniciens s'appliquent à exécuter des ordres dont la logique reste, pour eux également, obscure. Qui plus est, une menace sourde plane, permanente, sur la tête de ces techniciens. Qu'arriverait-il s'ils n'exécutaient pas les ordres ? Ne sont-ils pas eux-mêmes prisonniers ?
L'intrigue fait écho à l'expérience psychologique de Stanley Milgram, reportée dans son ouvrage Soumission à l'autorité - par ailleurs, mise en scène dans le film I comme Icare de Henri Verneuil. Ce sont les testeurs qui sont en fait testés. La référence est particulièrement flagrante au moment où l'un des prisonniers parvient à sortir du cube et que les techniciens le soumettent à un questionnaire en appuyant de la main sur des boutons « Yes » ou « No » en fonction des réponses apportées. À cet égard, les personnages réagissent différemment, l'un a atteint un degré ultime de soumission, là où l'autre, Eric, se comporte en rebelle.