Les premières missions de guerre des Super-Étendard français furent conduites au-dessus du Liban dans le cadre de l'opération Olifant au début des années 1980. Ainsi, le 22 septembre 1983 ils attaquèrent avec succès des batteries syriennes qui avaient tiré sur les positions du contingent français, tandis que le 17 novembre de la même année ils effectuèrent, lors de l'opération Brochet, un raid contre un camp terroriste près de Baalbeck en représailles à l'attentat du Drakkar à Beyrouth.
Les Super Étendard participèrent ultérieurement à des frappes aériennes lors des guerres de Bosnie-Herzégovine opérations "Balbuzard" du début 1993 et puis en 1994, 1995, 1996 sur les porte-avions Clemenceau et Foch puis durant la guerre du Kosovo en 1999.
À partir de 2001, les Super-Étendard opèrent à partir du porte-avions Charles-de-Gaulle, admis au service actif le 18 mai de cette même année. Suite aux [[attentats du 11 septembre 2001]] et au déclenchement de l'intervention armée en Afghanistan, les Super-Étendard de la marine nationale sont engagés dans le cadre du dispositif français (opération Héraclès lancée le 21 novembre 2001). À ce titre, ils effectuèrent de nombreuses missions au-dessus de l'Afghanistan, tant de reconnaissance que d'appui feu (opérant dans ce cas en binôme, un premier appareil désignant la cible au laser, un second larguant une BGL de 250 kg), en particulier lors de l'opération Anaconda engagée par les Américains le 2 mars 2002 dans l'est du pays. La distance parcourue lors de ces missions est de l'ordre de 3 000 km, nécessitant trois ou quatre ravitaillements en vol. Les Super-Étendard de la flottille 17F seront de nouveau déployés au-dessus du théâtre afghan en mai 2006, en mars 2007 et du 6 juin 2008 au 5 octobre 2008, totalisant à cette occasion 930 heures de vol (244 sorties, dont 119 de close air support, tirant notamment les nouvelles bombes guidées laser et GPS GBU-49).
En juillet 1979, l'Argentine commande 14 Super-Étendard. Cinq appareils avaient été livrés lorsqu'éclate la guerre des Malouines en 1982. Les 9 autres furent bloqués par l'embargo et livrés seulement une fois le conflit achevé. Le Super-Étendard a été choisi par la marine argentine en raison de sa capacité à être mis en œuvre depuis son porte-avions 25 de Mayo. En raison des longues indisponibilités puis du retrait du service de celui-ci, les Super-Étendard argentins ne sont plus embarqués sur porte-avions qu'à l'occasion d'exercices réalisés avec la marine brésilienne grâce au Minas Gerais puis au Nae Sao Paulo.
L'Argentine a utilisé ses Super-Étendard pendant la guerre des Malouines. Faisant usage de missiles AM39 Exocet, ils coulèrent deux navires de la flotte britannique : le destroyer HMS Sheffield (le 4 mai 1982) et le navire logistique Atlantic Conveyor (le 25 mai 1982).
L'attaque du Sheffield se déroula de la façon suivante :
Un Lockheed SP-2H Neptune argentin, feignant de rechercher les survivants du croiseur Belgrano, torpillé peu avant, établit un contact radar avec ce qui semblait être des navires britanniques. Les deux pilotes d'alerte, le capitaine Bedacarratz et le lieutenant de frégate Mayora, décollèrent à 9 h 30 à bord des Super-Étendard no 3-A-202 et no 3-A203, chacun armés d'un AM 39 Exocet. Ils montèrent d'abord à 4 500 mètres. Ils redescendirent pour se ravitailler en vol à un KC-130 à... 30 mètres des flots ! À 10 h 04, ils étaient à 463 km de leur objectif : c'était la phase finale de l'attaque. Soudain, une alarme se déclencha : ils étaient illuminés par un radar ennemi. Ils plongèrent au ras des flots pour échapper à la détection. Les pilotes entrèrent les coordonnées fournies par le Neptune dans l'unité d'attaque du système d'armes, puis montèrent à 500 pieds et allumèrent leur radar, mais rien n'apparut sur l'écran. Ils retournèrent à très basse altitude et foncèrent vers la dernière position indiquée par le Neptune et rallumèrent leur radar. Cette fois, Bedacarratz vit deux échos apparaitre sur son écran. Le premier ne semblait pas de grande taille (le Sheffield et le second était bien plus gros (porte-avions HMS Hermes). Les pilotes tirèrent tous les deux leur missile, mais crurent qu'il ne marchait pas car ils ignoraient alors que le moteur met un certain temps à s'allumer (deux secondes environ). Le porte-avions Hermes perçut le tir des missiles, mais pas le Sheffield dont les radars étaient éteints. Lorsque les marins de ce dernier virent l'engin fondre sur eux, il était trop tard et, moins de dix secondes après, l'Exocet s'enfonça dans la coque. Il n'explosa pas, par contre, le moteur-fusée enflamma une canalisation de carburant et le feu gagna le réservoir principal. Les Super-Étendard étaient déjà loin, fonçant à 30 mètres au-dessus des flots pour échapper à la détection. Ils se ravitaillèrent, puis rentrèrent à la base de Rio Grande, où ils annoncèrent qu'ils avaient tiré deux missiles dans des conditions favorables. Un coup de téléphone avertit les pilotes que Londres déclarait qu'un missile avait touché le Sheffield. Ils ne surent jamais qui des deux avait fait mouche.
Les SEM sont toujours en service dans la marine argentine qui semble intéressée pour en acquérir d'autres. Le remplacement progressif jusqu’en 2015 des SEM de l'aéronavale française par le Rafale M pourrait permettre à l'Argentine de reprendre les 54 appareils restants.
Entre 1983 et 1985, cinq avions furent loués par la France à l'Irak, alors en plein conflit avec l'Iran. L'Irak avait en effet acheté des missiles Exocet mais ne disposait pas encore des Mirage F1 capables de les tirer. Il semble que deux des Super-Étendard aient été perdus lors des opérations irakiennes.