La maladie est encore mal connue. Elle n'a été décrite pour la première fois dans la littérature médicale qu'en 1870 (après étude d'un cas près de Neunkirchen en basse Autriche et avant d'être décrite à l'est de l'URSS, puis lors d’épidémies en 1934 sur des chantiers de défrichage en Sibérie. Le virus est isolé en 1937 par ZILBER et SOLOVIEV, mais cette information ne sera publiée qu'après guerre, 10 ans plus tard.
En 1968, la maladie semblait encore rare : une étude séro-épidémiologique faite en 1968, 1969 et 1970 par le Centre Hospitalier de Colmar a néanmoins trouvé 2 cas de présence d'anticorps contre le virus, pour 4 450 sérums prélevés chez des adultes en bonne santé de la plaine Alsacienne et de l’est du massif vosgien, mais elle semble en nette augmentation. Les cas dus au sous-type européen ont encore spectaculairement augmenté de 1995 à 2005, alors que les zones à risque ont continué à s'étendre, avec de nouveaux foyers découverts chaque année.
La détection précoce de ces foyers devrait être une priorité de santé publique afin que les médecins diagnostiquent mieux et soignent plus vite leurs patients. Pour les y aider des chercheurs ont cherché à modéliser l'expansion du variant européen de cette maladie souvent mal détectée (symptômes initiaux grippaux peu spécifiques) mais qui peut évoluer ensuite vers une méningo-encéphalite aiguë et/ou une myélite conduisant rarement à la mort, mais dont les séquelles chroniques sont invalidantes et souvent accompagnées de troubles cognitifs
Le virus de l’encéphalite à tiques est un Flavivirus, le TBEV. Il se présente sous une forme sphérique, son diamètre est de 50 nm, soit 1/20e de micron, il est constitué d'une enveloppe qui protège un virion d'ARN associé à une protéine structurale « C ». L'enveloppe externe est porteuse de deux protéines ; « M » et « E », la seconde étant impliquée dans l'immunogénicité et l'identification du virus. L'ARN, séquencé depuis 1989, est traduit et dupliqué sur les membranes extracellulaires du réticulum endoplasmique et de l'appareil de Golgi.
Le virus de l'encéphalite à tiques comporte en Eurasie trois sous-types dits «européen », «sibérien » et «extrême-oriental » responsables de pathologies voisines.
Elle est mal connue.
C'est la plus importante arbovirose européenne. Des zones à risques et des poches à forte incidence ont été identifiées dont en France (Est et Alsace en particulier). Mais elle est surtout présente dans l'Ex-URSS, les Balkans et en Europe centrale (Pologne, Tchécoslovaquie, Hongrie, Yougoslavie, Allemagne Autriche (Bavière, Bade-Wurtemberg et carinthie surtout), Suisse). A l’est la zone à risque s’étend au-delà de la Russie jusqu’au Japon.
On l'a ensuite trouvée aussi dans les pays baltes (Lettonie surtout), en Italie et en France, partout dans ces zones où le grand gibier, les rongeurs et les tiques sont abondants, dans et autour des forêts essentiellement.
La Russie et l'Europe rapportent entre 10 et 12000 cas humains chaque année.
Ces zones sont souvent le siège de l'émergence d'autres maladies vectorielles à tiques : Slovénie (anaplasmose humaine), Allemagne, Autriche, Pays baltes, Suède (encéphalite virale à tiques) mais aussi en France avec l'émergence de rickettsioses, de l'encéphalite à tiques et de l'anaplasmose humaine.
L'ex-Union soviétique a fait beaucoup de recherches sur toutes les maladies transmises par les tiques y compris les virus TBE.
Les continents américain et australien sont dépourvus de virus TBEV.