La tique traverse 3 stades de développement durant environ 1 an et le virus peut être transmis à tous les stades. Les tiques hibernent de préférence dans les sous-bois humides, près des cours d’eau. La femelle pond des centaines d’œufs qui peuvent déjà être infectés. Les larves à six pattes issues des œufs font leur premier repas de sang dès les premières journées chaudes du printemps, attendant leur victime sur un brin d’herbe elles les accrochent au passage. Au cours de leur repas, elles peuvent transmettre le virus à leur hôte (un petit animal : souris, écureuil etc…) ou au contraire s’infecter si leur victime est porteuse du virus. Après son repas la larve se laisse tomber et devient après métamorphose une nymphe à 8 pattes. Après un autre repas sanguin 1 à 2 ans plus tard la tique atteint le stade adulte. Elle mesure alors quelques millimètre de longueur et peut escalader les buissons jusqu’à 80 cm de hauteur pour atteindre un animal plus gros (renard, gros gibier). Après son repas sanguin la tique s’accouple, pond des œufs et le cycle reprend. Les êtres humains sont un hôte occasionnel qui constitue une impasse pour le cycle puisque dans ce cas la tique ne retourne généralement pas dans la nature après son repas de sang. Chez l’être humain la tique remonte généralement le long des jambes pour atteindre une zone cutanée mince, plus facile à piquer où elle se niche, l’ombilic, l’aisselle ou la racine des cheveux au niveau de la nuque et la piqûre est indolore. Après une période de 2 à 3 jours la tique commence son repas de sang qui dure 1 jour puis, repue de sang elle se laisse tomber au sol. Le virus se multiplie notamment dans les glandes salivaires de la tique.
Les hôtes compétents comme vecteurs sont les tiques appartenant à la famille des Ixodidae (tiques dures). De nombreuses espèces de tiques dures peuvent transmettre le virus, mais deux espèces jouent un rôle prépondérant dans la transmission du virus TBEV : Ixodes ricinus et Ixodes persulcatus.
Ixodes ricinus est répandu en Europe centrale et de l’ouest, où il transmet le sous-type européen du MEVE (encéphalite d’Europe Centrale). Ixodes persulcatus est disséminé en Russie et en Extrême-Orient, où il transmet les sous-types de la Sibérie et de l’Extrême-Orient (encéphalite verno-estivale russe). Certains sous-types se chevauchent dans des régions d’Europe de l’Est. Les zones à risque s’étendent sur une bonne partie de l’Europe, depuis l’est de la France jusqu’au sud de la Scandinavie et la Croatie et à l’est jusqu’au nord du Japon.
Dans la moitié des cas la notion de piqûre de tique n’est pas retrouvée, elle n’a même pas été remarquée par la victime. La maladie se déroule en plusieurs stades dont deux sont visibles au travers des symptômes (on la dit « diphasique »)
Il n'y a pas de traitement spécifique, mais l'infection peut être évitée par la vaccination. La guérison est sans séquelle dans 90 % des cas. 1 à 2% environ des patients meurent à ce stade et 10 à 20% des victimes présentent des séquelles neurologiques permanentes. Un tiers des patients présentent des troubles résiduels plusieurs années après la maladie (céphalées, troubles sensitifs ou neuro-végétatifs).
On peut observer des cas de décès par complications neurologiques surtout chez des malades âgés.
La maladie est monophasique et plus sévère, évoluant rapidement vers une atteinte neurologique. Le taux de létalité s’élève à 20 %, et jusqu’à 60 % des survivants présentent des séquelles neurologiques résiduelles.