Le Projet Fedora distribue Fedora sous diverses formes:
Le Projet Fedora publie également des variantes de Fedora appelées « Fedora spins ». Ces versions sont assemblées à partir de logiciels spécifiques pour répondre aux attentes de certaines catégories d'utilisateurs. Elles sont disponibles depuis le site Fedora Spins.
La gestion des paquetages logiciels est principalement effectuée par l'utilitaire yum. Des interfaces graphiques comme pirut, pup ou encore PackageKit sont également fournies, tout comme puplet, qui affiche des avertissements visuels lorsque des mises à jour sont disponibles. apt-rpm est une alternative à yum appréciée des utilisateurs de Debian ou Ubuntu, familiers avec apt-get pour la gestion des paquetages logiciels Des dépôts logiciels peuvent également être joints au système, de manière à fournir des paquetages supplémentaires..
Avant Fedora 7, deux dépôts logiciels principaux existaient : Fedora Core et Fedora Extras. Fedora Core, qui était aussi le nom de la distribution, offrait les paquetages requis par le système d'exploitation, ainsi que des logiciels supplémentaires fournis avec les média d'installation. Fedora Extras, le dépôt secondaire, inclus depuis Fedora Core 3 était maintenu par la communauté, et n'était pas distribué sur les CD ou DVD d'installation. Depuis Fedora 7, les dépôts Core et Extras ont été fusionnés, d'où le retrait de la dénomination Core..
Également à partir de Fedora 7, un troisième dépôt de logiciels existait, du nom de « Fedora Legacy ». Ce dépôt était maintenu par la communauté, et avait pour fonction d'allonger le cycle de vie des anciennes versions de Fedora Core et de certaines versions de Red Hat Linux qui n'étaient plus officiellement maintenues. Fedora Legacy a été arrêté en décembre 2006.
L'une des fonctionnalités de Fedora ayant trait à la sécurité, est Security-Enhanced Linux, une fonctionnalité du noyau qui gère un ensemble de mesures de sécurité, dont les règles d'accès au Ministère de la Défense des États-Unis, par les Linux Security Modules (LSM) du noyau Linux. Fedora a ouvert la voie aux distributions incorporant SELinux, dès Fedora Core 2. La fonction était désactivée d'office, car elle modifiait fondamentalement le fonctionnement du système; elle a été par la suite activée d'emblée, avec une politique moins stricte, dite « ciblée », lors de la parution de Fedora Core 3. Fedora inclut également des mécanismes pour prévenir l'exploitation de failles liées aux dépassements de mémoire tampon, et empêcher les rootkits d'entrer en action. Des analyses du tampon, Exec Shield ainsi que des restrictions aux accès mémoire au niveau du noyau dans /dev/mem permettent de prévenir l'exploitation de ces failles.