En 2005, le projet gpl-violations.org révéla des preuves que fortinet aurait utilisé du code sous GPL sans respecter la licence et aurait utilisé des outils de cryptage pour cacher cette violation de la licence. Cette violation aurait eu lieu dans le système FortiOS qui selon le projet gpl-violations.org contenait du code du noyau de linux. Un tribunal de Munich émis une injonction contre l'entreprise lui interdisant de vendre des produits jusqu'à ce qu'elle soit en accord avec les termes de la licence. Fortinet a été obligée de fournir une version libre compatible avec la licence GPL de FortiOS.
En 2005, fortinet a été jugée coupable de non respect de brevet du code de l'Antivirus de Trend Micro. L'affaire s'est réglée à l'amiable.