L'appellation de la discipline résulte de la rencontre de Nicholas Kurti et de Hervé This qui ont compris qu'un champ scientifique pouvait utilement être identifié, non pas dans l'étude des aliments, mais, plus spécifiquement, dans l'étude scientifique des phénomènes culinaires. L’un et l’autre ayant procédé à des recherches sur les processus physico-chimiques mis en œuvre par les méthodes empiriques de l’art culinaire, ils collaborèrent à partir de 1985, et leur collaboration fructueuse ne devait prendre fin qu’avec la disparition de Kurti en 1998, à l’âge de 90 ans. La terminologie "gastronomie moléculaire et physique" étant encombrante, Hervé This décida d'utiliser désormais "gastronomie moléculaire", et il donna le nom de Kurti aux Workshops de Sicile.
Le terme « gastronomie moléculaire » se réfère à la biologie moléculaire: en 1934, Warren Weaver, alors directeur des National Institute of Health, avait proposé cette terminologie pour désigner cette nouvelle pratique de la biologie où l'on introduisait des méthodes chimiques et physiques. Pour la gastronomie moléculaire, l'idée est la même : initialement, le programme de la discipline correspondait à l'introduction en cuisine de pratiques tirées de la chimie et de la physique, à côté de l'étude physico-chimique des transformations culinaires (macération, doubles cuissons, caramélisation...).
Le programme initial de la discipline, publié notamment dans la thèse de Hervé This soutenue en 1996 sous le titre La gastronomie moléculaire et physique, à l'Université Paris VI, était hélas fautif puisqu'il était libellé comme suit :
Comme les trois derniers objectifs sont de nature technologique ou sociologique, Hervé This a proposé un nouveau programme scientifique en 2005:
Certains grands chefs s'inspirent des travaux de la gastronomie moléculaire, parmi eux, Pierre Gagnaire, ou Thierry Marx.
Toutefois, les chefs Ferran Adrià, Heston Blumenthal, Thomas Keller et l'écrivain Harold Mc Gee, que l'on rapproche parfois de la gastronomie moléculaire, conservent avec elle une certaine distance... judicieuse, puisque la "cuisine moléculaire" n'est pas la science qu'est la gastronomie moléculaire. Dans un article publié dans le Guardian en 2006, ils écrivent ainsi « le terme de gastronomie moléculaire ne décrit pas notre cuisine, ni d'ailleurs, aucune style de cuisine ». Ainsi Ferran Adrià préfère définir ses travaux « d’avant-garde créative ». il dit même, selon ses propres termes faire de la "tecnoémocion".
On observera la confusion que font ces personnes entre gastronomie moléculaire et cuisine moléculaire. Si la cuisine moléculaire peut effectivement "mourir", quand la modernisation de la cuisine aura été faite, la gastronomie moléculaire, discipline scientifique, ne pourra en aucun cas s'éteindre.