Le manque de contact social et l'isolement prolongée ont un effet dévastateur sur la mentalité des hikikomori. Ils perdent leurs capacités à vivre en société et les références morales normales. Souvent, ils ont des difficultés à distinguer le bien du mal. Leur poste de télévision ou leur ordinateur devient alors leur unique point de référence.
Si le hikikomori réintègre finalement volontairement la société - souvent après quelques années, il doit faire face à un sérieux problème : rattraper les années d'école perdues. Cela rend le retour dans la société encore plus difficile. Ils ont peur que les autres découvrent leur passé de hikikomori. Ils se sentent également mal à l'aise avec les étrangers.
Leur peur peut se transformer en colère et leur manque de références morales peut les conduire à des comportements violents voire criminels. Certains hikikomori attaquent leurs parents. En 2000, un hikikomori de 17 ans a pris le contrôle d'un bus et tué une passagère. Un autre cas extrême est celui d'un hikikomori ayant kidnappé et séquestré une jeune fille pendant neuf ans. Un autre a tué quatre fillettes afin de reproduire une scène de manga. Les comportements de violence sont toutefois souvent difficiles à établir car les familles préfèrent taire la vérité.