Un Indice d'intégrité écologique (IIE ou IBI pour Index of Biological Integrity pour les anglophones), aussi appelé indice d'intégrité biotique, est un outil scientifique d'évaluation environnementale (outil méthodologique, parfois associé à un outil logiciel et souvent à une cartographie SIG) visant à identifier et hiérarchiser les problèmes de fragmentation écologique à diverses échelles écopaysagères.
Le principe de base est que l'ingégrité écologique d'un milieu et sa bonne insertion fonctionnelle dans le réseau écologique global sont des éléments essentiels au bon état écologique que l'on cherche à retrouver (en Europe via la Directive cadre sur l'eau par exemple).
Cette approche est un peu plus large et globale que la méthode des indices biotiques (ex : Indice biologique global normalisé ou IBGN) développée et utilisée en France et en Europe, également d'abord pour l'évaluation de la qualité des eaux superficielles.
Ces systèmes d'évaluation visent à calculer et représenter, ou modéliser l'impact cumulé des facteurs d'influence anthropiques sur le fonctionnement des écosystèmes (zone biogéographique, cours d'eau, plan d'eau, forêt, littoral, etc.).
Ces indices sont en cours de développement, notamment en Amérique du Nord pour différents types d'écosystèmes.
Ils ont d'abord et surtout concerné les cours d'eau ; afin d'y évaluer l'impact et la gravité des facteurs de fragmentation physique et écologiques (c'est à dire affectant le fonctionnement des écosystèmes, même sans barrières physique ou visible), par exemple à cause des des barrages physiques ou phénomènes de canalisation ou tubage, ou encore à cause de barrières induites par des pollutions chimiques, thermiques, agricoles (engrais, pesticides), microbiennes ou physiques (turbidité, pollution lumineuse, assèchement avec exondation, chute du taux d'oxygène, dystrophisation, etc.), dérangement…