Le mercure est un métal très toxique, il affecte principalement les fonctions cérébrales (neurotoxique) et rénales (néphrotoxique) et est soupçonné d'être lié à certains cancers, comme les cas de leucémie apparus au Japon à Minamata. L'intoxication au mercure est également appelée hydrargisme, hydrargyrie ou hydrargyrisme.
Cet élément est d'autant plus nocif qu'il s'évapore facilement et que ses vapeurs sont aisément assimilées par l'organisme. De plus, l'absorption simultanée de cuivre, de zinc ou de plomb tend à accroître le pouvoir nocif du mercure.
Il est important de distinguer les effets du mercure métallique Hg, des effets des composés organiques du mercure (méthylmercure CH3Hg notamment) beaucoup plus toxiques.
À l'époque romaine, les criminels condamnés à travailler dans les mines de sulfure de mercure (HgS) avaient une courte espérance de vie. Au Ier siècle, Pline l'Ancien décrivait déjà les symptômes de l'empoisonnement au mercure.
Ce problème reste actuel : Aux États-Unis, aujourd'hui, près de 12 % des femmes en âge de procréer ont un taux de mercure sanguin supérieur aux recommandations de l'Agence de protection de l'environnement des États-Unis.
On a utilisé des solutions de nitrate de mercure pour préserver et traiter les peaux en vue de la fabrication de chapeaux. Il a même été dit que cela a inspiré Lewis Carroll pour le personnage du chapelier fou dans Alice au pays des merveilles. En France, les maladies liées au mercure ont été parmi les premières reconnues comme maladies professionnelles dès 1919.
On a utilisé dès 1890 des composés à base de mercure pour une meilleure conservation des semences. Cette pratique s'est généralisée à partir de 1915. Cela a donné lieu depuis à de nombreux accidents. Des personnes furent empoisonnées en consommant par erreur des semences traitées. Voici les exemples connus :
Le traitement des semences à l'aide de composés mercuriques est interdit depuis 1982 en Europe de l'Ouest.
Les composés utilisés pour le traitement étaient notamment : le chlorophénylmercure, l'acétate de phénylmercure, le chlorure de méthylmercure, le phosphate d'éthylmercure, etc.
Citons par exemple la tragédie de la baie de Minamata au Japon. L'utilisation du mercure dans la prospection aurifère pose de graves problèmes de santé publique (entre autres chez les Amérindiens de Guyane, qui consomment beaucoup de poissons contaminés par les sites d'orpaillage).
De manière générale, il convient par précaution d'éviter que les femmes enceintes et les enfants de moins de 2 ans consomment plusieurs fois par mois des gros poissons de haute mer (éviter daurade, espadon, marlin, requin et thon) : un poisson contaminé peut contenir 23 mg de mercure par kg de poids humide soit près de 100 000 fois la concentration de l'eau environnante. Attention, les poissons prédateurs d'eau douce peuvent également être contaminés. Par contre, la consommation de mollusques bivalves ne semble pas poser problème.