Vient le concile de Constance, dont l'antipape Jean XXIII a signé la convocation. Sigismond, voulant donner l’apparence d’un soutien à Hus s'engage à l'accompagner à Constance (cf. image à donner au pragois). En pratique il n’accompagnera pas Hus. Hus s'y rend, muni d'un sauf-conduit signé de Sigismond Ier du Saint-Empire afin d'y défendre ses thèses. Ce sauf conduit sera renié par Sigismond.
À Constance, ont accouru, en grand apparat, les représentants des grandes nations catholiques, tous les prélats et les princes que compte la Chrétienté, y compris des orthodoxes, des lithuaniens, des coptes. Le premier but du Concile, réuni sous la pression de Sigismond, n'est pas de le juger, mais de mettre fin à ce scandale que représente le Grand Schisme d'Occident. Trois « papes » se disputent le trône de saint Pierre, Grégoire XII, « pape de Rome », Jean XXIII, « pape de Pise » et Benoît XIII, « pape d'Avignon ».
Hus part le 11 octobre 1414 et arrive le 3 novembre 1414 à Constance. Le jour suivant, un bulletin sur les portes des églises annonce que Michal de Nemecky Brod sera l'opposant de Hus « l'hérétique ». Il est tout d'abord libre de ses mouvements mais, de peur de le voir s'échapper, le 8 décembre 1414, il est enfermé dans un monastère dominicain de la ville. Le sauf-conduit impérial, apparemment, ne s'applique pas (ou plus) légalement aux hérétiques… Peu auparavant, le 4 décembre 1414, Jean XXIII nomme trois évêques pour entamer les investigations contre Hus.
Sous la pression impériale, le mode de scrutin est changé : non pas une voix par cardinal (ce qui avantage considérablement l'Italie) mais une voix par nation (ce qui apporte une solution inédite aux problèmes nationaux qui déchirent alors l'Église). Le 20 mars 1415, comprenant qu'il perd le soutien impérial, Jean XXIII s'enfuit. Le 6 avril 1415, le concile adopte le décret Hæc sancta, affirmant la supériorité du concile sur le pape. Les questions institutionnelles en passe d'être réglées, le procès de Hus peut reprendre.
Au premier rang des censeurs de Jan Hus, outre le cardinal Pierre d'Ailly et son disciple Jean de Gerson, doctor christianissimus et chancelier de l'université de Paris, se trouvent les grands inquisiteurs, secondés par les plus brillants canonistes romains. Les juges procèdent à des interrogatoires ex cathedra, Hus n'a que trop rarement la parole, malgré tout il arrive à désarçonner ses accusateurs. Peu à peu, les débats quoique fort confus, tournent à l'avantage du réformateur. Au cachot, après des semaines d'interrogatoires incessants, Jan Hus ne faiblit pas et parle comme le feront plus tard les premiers protestants : « Dieu et ma conscience sont mes seuls témoins, jamais je n'ai prêché ni enseigné les choses que les témoins invoquent contre moi ». Condamné comme hérétique à être brûlé vif, il s'écrie : « Seigneur Jésus-Christ, pardonne à tous mes ennemis ». La censure passera au crible ses ultimes lettres, écrites de sa cellule, à ses amis de Prague.
Le 6 juillet 1415, selon le jugement, Jan Hus doit être « réduit à l'état laïc » : le bourreau lui arrache publiquement les vêtements. Coiffé d'une mitre de carton sur laquelle sont peints des diables, il est emmené vers le bûcher au milieu d'une foule partagée entre colère et délire : on le lie au poteau, entouré de paille humide et de fagots et le feu est mis au bûcher. Tandis que montent les flammes, Jan Hus aurait chanté : « Christ, Fils du Dieu vivant, aie pitié de moi ». On raconte que, à la vue d'une personne amenant un fagot de bois pour le bûcher, il aurait dit à haute voix : "O sancta simplicitas", en français, "sainte simplicité", pour désigner les personnes qui faisaient ce qu'on leur dit, sans réfléchir et pourtant pensant bien faire.
Enfin, comble de ce martyr, l'aide-bourreau réduit ses os brûlés en poussière que l'on va jeter dans les eaux du Rhin car selon le jugement : « de Jan Hus, il ne doit rien rester ». Son ami Jérôme de Prague, qui était venu le soutenir, s'exclamera : « On a pu le brûler, mais on ne brûle pas la vérité ». Las, il subira le même sort, le 30 mai 1416.