Jean Baubérot, dans son Histoire de la laïcité en France (2005), précise que la notion de pacte laïque n'implique nullement que la séparation des Eglises avec l'État soit le résultat d'une négociation de puissance à puissance, mais rend compte du passage d'une laïcité qui était le bien exclusif d'une des deux France en conflit (celle des tenants de la Révolution française et celle de "la fille ainée de l'Église"), à une laïcité qui peut inclure les membres des deux France lorsque, en 1946, la laïcité est devenue constitutionnelle avec la Quatrième République, de même en 1958 dans la constitution de la Vème République.
La laïcité présente trois aspects. L'État est sécularisé, la liberté de croyance et de culte est entière, enfin les croyances (religieuses ou non) sont égales entre elles. Ainsi la laïcité signifie la neutralité de l'État, au service des droits de l'homme et de la liberté de conscience. Telle était la position de Ferdinand Buisson, selon Baubérot. Les laïcistes construisent selon lui une sorte de laïcité intolérante et identitaire en privilégiant le seul critère de sécularisation, qui est pourtant un terme théologique. Certes, une sécularisation sans laïcité serait une sorte d'oecuménisme, non une vraie laïcité. Mais une laïcité sans liberté religieuse serait une sorte d'athéisme officiel, contraire à la liberté de conscience au nom de l'émancipation. Maintenant, les croyants tendent à privilégier le deuxième critère, la liberté religieuse, et les religions minoritaires l'égalité entre les cultes. En tout cas l'égalité de leur propre religion! (Laïcité 1905-2005, entre passion et raison, Seuil, 2004).
Le philosophe Henri Pena-Ruiz a critiqué, au chapitre "la laïcité en débat : interprétations et controverses (exemples)" de son livre La laïcité (2003), l'idée de pacte laïque élaborée par Jean Baubérot dans son ouvrage Vers un nouveau pacte laïque ? (1990) à propos notamment de la loi de Séparation des Églises et de l'État en 1905, en soulignant qu'un pacte suppose qu'il y ait eu une négociation avec les Églises, ce qui n'a pas été le cas. «Il s'agit de savoir si la laïcité doit se renégocier en fonction des évolutions du paysage religieux», ou s'il s'agit d'une « valeur principielle transcendant les différentes options spirituelles et qui échappe à la relativisation ».
La réponse de Jean Baubérot (cf son Histoire de la laïcité en France, Que sais-je ? aux PUF) est que la notion sociologique de "pacte" n'implique pas forcément une négociation formelle (cf déjà le 3 sens du Robert) mais signifie "la capacité de concevoir un avenir différent de l'horizon conflictuel qui borne le présent ; la volonté et la possibilité politique d'agir autant selon cet avenir utopique qu'en fonction du conflit présent et de se donner les moyens de parvenir à une (relative) pacification".
En revanche Patrick Cabanel (Les mots de la laïcité, Presses Universitaires du Mirail, Toulouse, 2004) estime que la notion est historiquement pertinente (p. 77-80).
Jean Baubérot est également l'auteur de la notion de seuils de laïcisation : il distingue trois seuils, le premier est le résultat de la révolution française et du recentrage opéré par Napoléon Bonaparte, le seconde des lois laïcisant l'école publique (1882-1886) et séparant les Églises et l'État (1905, 1907, 1908), le troisième s'est élaboré de 1968 (contestation anti-institutionnelle de mai 68) à 1989 (chute du mur de Berlin, 1 affaire de foulard).
Jean Baubérot se réclame d'une "laïcité inclusive". Il estime en revanche que l'œuvre de Henri Pena-Ruiz est marquée, de façon paradoxale mais significative, par une historiographie confessionnelle… en retenant essentiellement de Bonaparte - le Concordat - sans tenir compte du Code civil qui dissocie de façon stable les lois des normes religieuses.
