Le 25 juin 1988, le site de Hanford fut divisé en quatre secteurs et intégré sur la liste des priorités nationales. Le 15 mai 1989, le Département de l'écologie de l'État de Washington, l'Agence de protection de l'environnement des États-Unis et le département de l'énergie signèrent un accord qui fournit un cadre légal au nettoyage du site. Les agences sont donc engagées dans le plus grand grand chantier de nettoyage au monde et il existe de nombreux problèmes techniques, politiques et culturels qui se chevauchent. L'effort de nettoyage est centré sur trois objectifs : Remettre en état le lit de la rivière Columbia, transformer le plateau central en un centre de traitement et de stockage de déchets sur le long terme et préparer l'avenir. Le nettoyage est dirigé par le département de l'énergie sous le contrôle des deux autres agences. Dans les dernières années, le gouvernement fédéral a dépensé deux milliards de dollars par an pour la réhabilitation du site. 11 000 ouvriers travaillent sur le site pour nettoyer les bâtiments et le sol. Le nettoyage devait au départ durer 30 ans mais en 2008, seule la moitié des travaux avaient été effectués. Sur les quatre secteurs listés comme superfund, un seul a été entièrement réhabilité.
Tandis que la plupart des rejets ont cessé avec l'arrêt du site dans les années 1970, de larges zones restent très contaminées. La majorité des déchets les plus dangereux ont été traités mais il reste des inquiétudes sur une possible contamination des eaux souterraines en aval de la rivière Columbia. La santé et la sécurité des travailleurs restent également un sujet de préoccupation.
Le défi le plus important à Hanford est la stabilisation des 204 000m³ de déchets de haute activité stockés dans 177 citernes souterraines. Environ un tiers d'entre elles présentent des fuites et relâchent les polluants dans le sol. En 2008, la plupart des déchets liquides ont été transférés dans des citernes à double parois plus sures ; Cependant il reste 10 600m³ de déchets liquides et 100 000m³ de boues radioactives dans les citernes à simple paroi. Ces déchets devaient être traités d'ici 2018 mais la fin des opérations a été reportée à 2040. Les nappes phréatiques avoisinantes contiendraient 1 000 000m³ d'eau contaminée. 4 000m³ de déchets hautement radioactifs continuent de progresser dans le sol vers la rivière Columbia et ils pourraient l'atteindre d'ici 12 ans si aucun nettoyage n'est effectué. Le site contient également 710 000m³ de déchets solides.
D'après l'accord tri-partit, les déchets de faible activité sont enterrés dans de larges fosses. Le stockage du plutonium et des autres déchets de haute activité restent un problème épineux. Le plutonium a une demi-vie de 24 100 ans et dix demi-vies sont nécessaires pour qu'un déchet soit considéré comme sans danger. Le département de l'énergie est actuellement entrain de construire un centre de vitrification sur le site de Hanford. La vitrification est un procédé permettant de fondre les déchets radioactifs dans du verre pour les rendre stables. L'entreprise d'ingénierie Bechtel a été désignée pour construire cette usine pour un cout d'environ 12 milliards de dollars. Celle-ci devrait être opérationnelle en 2019 et la vitrification devrait se terminer en 2047 soit avec plus de 20 ans de retard sur le calendrier initial.
En mai 2007, l'État et les responsables fédéraux ont mené des négociations à huis-clos sur la possibilité d'allonger les délais pour la vitrification des déchets pour se concentrer sur les opérations les plus urgentes comme le nettoyage des eaux souterraines. Ces discussions bloquèrent en octobre. Au début de l'année 2008, une réduction de 600 millions de dollars du budget du nettoyage fut proposée. Les autorités locales exprimèrent leurs inquiétudes sur cette baisse, sur l'allongement des délais et sur les récentes défaillances de la sécurité sur le site et menacèrent d'attaquer en justice le département de l'énergie pour violation des lois sur l'environnement. Finalement, elles retirèrent leur menace et les négociations purent reprendre.
Un échantillon de plutonium purifié fut retrouvé dans un coffre-fort dans une tranchée de déchets durant des opérations d'excavation en 2004 et a été fabriqué au milieu des années 1940 faisant de lui le second plus ancien échantillon de plutonium connu. Des analyses publiées en 2009 ont montré qu'il avait été fabriqué à Oak Ridge puis transféré à Hanford pour des opérations d'optimisation de la centrale de séparation de Hanford. Les documents révèlent que cet échantillon appartenait au "groupe Watt" qui le stocka dans le coffre lorsqu'ils suspectèrent une fuite. [1][2]