Un énorme volume d'eau de la rivière Columbia était nécessaire pour dissiper la chaleur émise par les réacteurs nucléaires. De 1944 à 1971, le système de refroidissement aspirait l'eau de la rivière et la rejetait après son utilisation dans le réacteur. Avant de la rejeter dans la rivière l'eau était stockée dans de grands bassins de rétention pendant six heures. Les isotopes radioactifs à longue durée de vie ne sont pas affectés par cette rétention et des milliards de becquerels étaient rejetés chaque jour dans la rivière. Ces rejets furent gardés secrets par les autorités fédérales. Des radiations furent par la suite détectées le long des cotes de l'Oregon et de l'état de Washington
Le processus de séparation du plutonium a également rejeté des isotopes radioactifs dans l'air qui furent transportés par le vent jusque dans certaines zones de l'Idaho, du Montana et de la Colombie-Britannique. De nombreuses populations furent touchées par les radioisotopes en particulier l'iode 131 dont les rejets les plus importants eurent lieu entre 1945 et 1951. Ces radioisotopes contaminèrent la chaine alimentaire et les populations qui se nourrissaient de produits locaux. La plupart de ces rejets aériens faisaient partie de la routine des opérations du site de Hanford bien que des dégagements plus importants eurent lieu lors d'accidents isolés. En 1949, un rejet intentionnel connu sous le nom de Green Run libéra 8 000 curies d'iode 131 en deux jours. Une autre source de contamination provenait du poisson pêché dans la rivière Columbia qui a très fortement touché les populations amérindiennes car il constitue la base de leur alimentation. Un rapport gouvernemental publié en 1992 rapporte que près de 685 000 curies d'iode 131 ont été libérés entre 1944 et 1947.
A partir des années 1960, les scientifiques de l'United States Public Health Service ont commencé à publier des rapports sur la radioactivité libérée par le site de Hanford ce qui provoqua la colère des service de santé de l'Oregon et de l'état de Washington. En février 1986, la pression des citoyens poussa le département de l'énergie à rendre public 19 000 pages de documents auparavant inaccessibles sur les opérations du site nucléaire. L'association de citoyens Hanford Health Information Network (HHIN) rendit public des rapports sur les effets sanitaires des opérations de Hanford. Le HHIN conclut que la radioactivité libérée avait grandement aggravé le risque de cancers et d'autres maladies. 2 000 personnes de la région intentèrent un recours collectif envers l'état fédéral, ce procès n'est toujours pas terminé.