Médecins du Monde est financé par les dons du privé, ainsi que par des subventions administratives nationales ou internationales (à 35%). Un soin est apporté pour que les dons privés restent majoritaires et ainsi pouvoir conserver une indépendance vis à vis des structures d'États.
En 2008, les ressources totales de l'association atteignent 62,3 millions d'euros.
Pour promouvoir son action auprès du public et lui permettre de faire appel au don en confiance, la section française de l’organisation, en tant qu’association, adhère au Comité de la Charte .
Aujourd’hui l’association Médecins du monde comporte 15 membres. En 2007, le réseau international de MdM menait 170 programmes internationaux dans plus de 69 pays grâce à 3 000 volontaires et 2 000 personnels locaux. MdM mène également au quotidien près de 200 projets nationaux auprès des populations vivant dans la précarité dans les 15 pays membres du réseau.
De cette première association, naîtra une dynamique qui conduira à la création de plusieurs associations Médecins du Monde, en Europe, mais aussi en Amérique et en Asie :
1987 Médecins du Monde Etats-Unis 1990 Médecins du Monde Espagne Médecins du Monde Grèce 1991 Médecins du Monde Suède 1993 Médecins du Monde Italie Médecins du Monde Suisse 1995 Médecins du Monde Chypre (fermé en 2008) 1996 Médecins du Monde Canada 1997 Médecins du Monde Pays-Bas 1998 Médecins du Monde Argentine Médecins du Monde Royaume-Uni 1999 Médecins du Monde Allemagne Médecins du Monde Belgique Médecins du Monde Portugal 2000 Médecins du Monde Japon
Ces associations se sont données pour mandat de soigner les populations les plus vulnérables, mais aussi de témoigner de la situation de ces populations. Elles œuvrent à travers le monde, par le biais de missions médicales mises en œuvre tant à l’étranger que sur leur propre territoire. Ces missions viennent en aide aux populations les plus vulnérables sans distinction de sexe, d’âge, de religion, d’ethnie, d’orientation sexuelle ou de conviction politique.
Chaque association membre du réseau international de Médecins du Monde regroupe des professionnels de santé souhaitant s’investir bénévolement. Les actions sont mises en œuvre avec le concours de professionnels issus majoritairement du milieu médical : médecins, chirurgiens, sages-femmes, infirmiers, psychologues cliniciens. Toutefois, d’autres compétences sont nécessaires : coordination, administration, logistiques, spécialistes des droits de l’homme...