Deux appartements pontificaux sont particulièrement remarquables. Le premier, l'appartement Borgia a été commandé par le pape Alexandre VI lors de l'adjonction au palais pontifical (autour de la cour des perroquets) d'une tour, appelée aujourd'hui tour Borgia (1493-1494). Le second appartement, juste au-dessus du premier a été redécoré par Raphaël et son école entre 1508 et 1524 sur une commande du pape Jules II. Après la construction du palais de Sixte-Quint (troisième aile ou aile Est de la cour Saint-Damase), les papes transfèreront définitivement leur appartement du Vatican de ce palais médiéval au nouvel édifice où ils habitent toujours.
Le pape Alexandre VI Borgia (1492-1503) a fait décorer son appartement privé par le Pinturicchio entre 1492 et 1494. Cet appartement situé au premier étage du Palais apostolique est bordé, d'une part, par les cours Borgia et des perroquets et, d'autre part, par la cour du Belvédère. La visite de six pièces est intégrée au parcours des musées du Vatican. Les salles ouvertes à la visite sont :
Le pape Jules II (1503-1513) a choisi de confier au jeune Raphaël la décoration de son appartement privé. Cet appartement, au deuxième étage du Palais apostolique, est situé juste au-dessus de l'appartement Borgia. Il est bordé par la cour des perroquets et de l'autre côté par celle du Belvédère. La visite des quatre pièces est intégrée au parcours des musées du Vatican :
La salle de la Signature contient deux grandes fresques réalisées par Raphaël, lui même, et qui comptent parmi ses plus belles œuvres : La Dispute du Saint-Sacrement et L'École d'Athènes. Ces deux œuvres, qui se font face, font dialoguer symboliquement la foi et la raison.