Selon des toxicologues allemands, le polyéthylène téréphtalate serait dangereux pour la santé et porterait atteinte à la fertilité des hommes et des femmes. Cette information a été toutefois démentie par l'institut fédéral allemand d'évaluation des risques (BfR) et l'Agence française de sécurité sanitaire des aliments (Afssa).
Toutefois, l'ensemble des phtalates est suspecté, avec une présomption plus ou moins forte selon l'avancement des études, d'être toxique pour la reproduction, assez forte cependant pour que la Commission européenne ait programmé leur limitation de plus en plus étendue. La toxicité présente a priori un risque pour les seuls bébés, ceux-ci pouvant au cours d'opérations médicales recevoir jusqu'à plus de vingt fois la dose limite de 0,15 g de DEHP par jour pour un kilogramme de leur poids, ainsi que pour les adolescents prépubères en soins intensifs. C'est la façon dont le phtalate est associé au plastique qui fait que celui-ci peut migrer plus ou moins facilement dans l'organisme. Le risque est avéré non pas avec le PET mais avec le PVC, d'où la polémique.