Le 7 février 2002, le premier ministre du Québec, Bernard Landry, et le Grand Conseil des Cris, alors dirigé par le Grand Chef Ted Moses, ont signé un accord historique, la « Paix des Braves », afin de jeter les bases d’une nouvelle relation entre le gouvernement du Québec et les Cris de la Baie-James. L’accord prévoit la construction du dernier volet du projet original de la Baie-James, à savoir la construction d’une centrale hydroélectrique sur le cours supérieur de la rivière Eastmain, avec une capacité installée de 480 mégawatts, et d’un réservoir d’une superficie de 600 km2 (centrale Eastmain-1 et réservoir Eastmain).
Le projet Eastmain-1, faisant partie intégrale du projet de la Baie-James de 1975, n'est assujetti à aucune évaluation environnementale supplémentaire. Lancée en 2003, la centrale est en service complet depuis avril 2007 et produit 2,7 TWh d'énergie annuellement.
Le 11 janvier 2007, les travaux de construction des centrales hydroélectriques Eastmain-1-A et Sarcelle ainsi que les ouvrages nécessaires à la dérivation du cours supérieur de la rivière Rupert ont été officiellement lancés lors d'une annonce à laquelle participaient le premier ministre du Québec, Jean Charest, le Président-directeur général d'Hydro-Québec, Thierry Vandal, et le Grand chef des Cris du Québec, Matthew Muskash. Le projet nécessitera un investissement d'environ 5 milliards de dollars canadiens entre 2007 et 2012. Ce projet prévoit la dérivation d'environ 50 % du débit de la rivière Rupert (et 70 % au point de la dérivation) vers le nouveau réservoir Eastmain et le Complexe La Grande, ainsi que la construction de deux nouvelles centrales, Eastmain-1 A et Sarcelle, avec une capacité installée de 888 mégawatts. Des terres d'une superficie de 346 km2 seront inondées par le nouveau bief reliant le bassin versant de la rivière Rupert au réservoir Eastmain. Ces deux centrales produiront environ 3,2 TWh d'énergie annuellement et les centrales existantes de la Grande Rivière (Robert-Bourassa, La Grande-2 A et La Grande-1) augmenteront leur production d'environ 5,3 TWh, pour un gain net de 8,5 TWh.
La dérivation de la rivière Rupert a été autorisée par les gouvernements du Québec et du Canada à la fin de 2006 malgré l'opposition de certains Cris des communautés affectées (Waskaganish, Nemaska et Chisasibi) et de plusieurs groupes écologistes du sud du Québec. Les évaluations environnementales du projet de dérivation de la rivière Rupert, menées conjointement par les gouvernements du Québec et du Canada et des représentants du Grand Conseil des Cris du Québec, furent complétées en 2006. Les deux rapports d'évaluation étaient favorables au projet de dérivation. Les gouvernements du Québec et du Canada ont aussitôt donné leur aval à la réalisation du projet de dérivation de la rivière Rupert vers le Complexe La Grande.
Le projet hydroélectrique a été rendu possible en 2004 a mis fin à tous les litiges qui opposaient le Grand Conseil des Cris et le gouvernement du Québec au sujet du développement du territoire de la Baie-James et a ouvert la voie à une évaluation environnementale conjointe du projet de la rivière Rupert. Le Grand Chef des Cris du Québec, Matthew Muskash, élu en 2005, s'est opposé par le passé au projet de dérivation de la rivière Rupert.
Le projet de la dérivation de la rivière Rupert est le troisième projet proposé par Hydro-Québec pour la rivière Rupert. Le Complexe NBR envisagé au début des années 1970 par les ingénieurs d'Hydro-Québec pour les rivières Nottaway, Broadback et Rupert, et prévu à la Convention de la Baie-James et du Nord québécois de 1975, comprenait la construction d'une dizaine de centrales hydroélectriques d'une puissance installée d'environ 8 000 mégawatts et une production annuelle de 53 TWh. Neuf barrages étaient alors prévus sur la rivière Rupert, dont la première à moins de 5 km du village de Waskaganish, ainsi que la dérivation des eaux de la rivière Eastmain vers la rivière Rupert, au sud. Même le lac Mistassini, le plus grand lac naturel du Québec et la source de la rivière Rupert, aurait été transformé en réservoir avec un marnage d'environ 11 mètres. Bien que cette zone était plus facile d'accès que celle de la Grande Rivière, le projet avait été reporté suite aux études géologiques du terrain qui révélaient un sol d'argile sensible, type de matériau difficile à manipuler lors de constructions de l'envergure des barrages hydroélectriques. En 1990, Hydro-Québec a proposé une variante du Complexe NBR axée sur la construction d'une série de sept barrages sur la rivière Broadback et de deux barrages sur le cours supérieur du Rupert, avec une production annuelle de 45 TWh d'électricité; entre-temps, le cours supérieur de la rivière Eastmain avait été détourné vers la Grande Rivière). Chacun des projets de 1975 et 1990 prévoyait la création de nouveaux réservoirs qui aurait entraîné l'inondation d'environ 4 500 km2 de terres. La réalisation du « Complexe NBR » sera donc écartée définitivement par la dérivation du cours supérieur de la rivière Rupert vers le Complexe La Grande.